那么，这篇论文又是怎么把肝癌与马兜铃酸联系到了一起呢？据全军中药研究所副所长王伽伯介绍，该研究通过98例我国台湾地区肝癌患者的全外显子测序发现，78%的患者存在马兜铃酸相关特征突变谱。通过对世界范围内，其他国家和地区约1400例肝癌患者的进一步比较研究发现，我国内地89例肝癌患者样本中，47%的患者存在马兜铃酸相关基因特征突变谱。研究还发现，马兜铃酸广泛涉及我国及亚洲其他国家或地区的肝癌发生，因此可能是肝癌发生的重要风险因素。
论文仅提供间接线索，特殊突变并非马兜铃酸特有
肖小河强调，虽然该文章提示了马兜铃酸或为肝癌发生的风险因素，但因为缺乏直接和确凿的证据，所以，马兜铃酸与肝癌发生的相关关系尚待进一步证实。
同时，肖小河提出，该研究还存在以下问题：一是研究病例的服药史尚不明确，患者是否服用含马兜铃酸相关制剂及其药物种类、成分含量、服用剂量、时间疗程、基础疾病等情况不清楚。二是该研究的关键病例数较少，取样代表性不足，难以反映不同地区肝癌发生的客观真实性。三是相关的安全性风险信号尚缺少完整的证据链，马兜铃酸及其衍生物与相关基因突变、肝癌之间的因果关系有待进一步证实。而且，台湾地区早在2003年，就已经禁止销售含马兜铃酸的制剂，但是该论文比较了2003年前后，含有马兜铃酸相关特征突变谱肝癌患者的比例并无差异，尽管文中指出存在尚未完全禁止销售的可能性，或者肝癌发生相对于马兜铃酸暴露滞后，但仍然不足以解释2003年禁止前后无差异的状况。
中国中医科学院中药研究所研究员梁爱华也表示，论文中仅仅提供了一种间接线索。该研究采用了基因测序方法，对收集到的肝癌样本进行检测，结果发现在所检测的肝癌样本中，台湾和内地的样本中分别有78%和47%呈现一种特殊的突变类型，即“A：T>T：A”突变，他们把这种突变类型称为“马兜铃酸指纹”。也就是说，他们认为这种突变类型，只有马兜铃酸会造成，其他致癌物是不会有这种突变的。然而，权威专业杂志《癌变》曾在1994年发表过一篇论文，证实氯乙烯可以引起人基因突变，突变类型以“A：T→T：A”为主，并可引起肝血管瘤乃至肝癌。也就是说，除了马兜铃酸，其他的致癌物也会造成“A：T→T：A”突变，并不是马兜铃酸特有的。梁爱华坦言，这怎么能算是“马兜铃酸指纹”呢？更何况还有很多其他致癌物，到底会产生什么样的突变，目前还没有全部研究清楚。
