主张“下马”的，一是强调苏联的援助没有了，二是认为导弹、原子弹技术高度复杂，仅仅依靠我国当时尚不发达的工业和落后的科技力量，恐怕难以造出“两弹”，三是指出“两弹”花钱太多。
根据彭继超的了解，聂荣臻当时是坚决反对“下马”的。他提出的理由是，“两弹”研究已经有了很大进展，国家培养了一大批大学毕业的研究人员，铀矿资源也能满足需求，特别是有一批爱国的科学家，所以这个事业不能放弃。他甚至公开说：“不搞出‘两弹’来，我死不瞑目。”
针对日见激烈的争论，聂荣臻签发了一个名为《导弹、原子弹应坚持攻关》的报告，直接上报给毛泽东。
当年10月，中央军委决定：尖端要搞，不能放松。关于“上马”、“下马”的争论才止息。
曾经的政策波动传播到千里之外的罗布泊，对刚刚干劲十足地建设基地的官兵们来说，情绪上确实受到了一定的影响。
彭继超在《罗布泊丰碑》一书中写到这一段。当时，甚至有上级机关的干部来到马兰说：“原子弹不知道什么时候才能造出来，基地部队可以去种地、放羊，机关可以搬到无锡去，等国家经济好转了再搞建设。”
一向温文尔雅的张蕴钰急了，他说：“我哪儿也不去，就在这里等。一年不搞我等一年，两年不搞我等两年，中国总要有原子弹！”
1961年前后，正值三年自然灾害，基地进入最艰苦的时期。基地编制不得不缩减，部分干部调走了，供给的标准也降低了。
不仅如此，由于基地车辆也少了，本来已经很少的口粮经常运不进来，张蕴钰就带着常勇他们往返20多公里，把口粮一袋一袋往回扛。
有时水供应不上，基地的人们半个月都不能洗澡，甚至用洗脚水蒸馒头。
马兰基地的情况从1962年开始慢慢得到改善，1962年底，周恩来出访亚非拉国家归来，途经乌鲁木齐作短暂停留。在一次晚餐中，周恩来站起身来说：“我们国家在新疆有一个原子武器靶场，他们在戈壁滩上条件很艰苦，任务很艰巨，希望新疆维吾尔自治区给予帮助，大力支持。”
周恩来的这几句话，大大振奋了马兰基地的人们，也是对“下马”之说最有力的驳斥。
基地缺少车辆的困难反映到中央书记处，时任总书记的邓小平亲自跟当时的北京市长彭真商量，决定把北京市刚领到的400辆“解放”牌汽车全部调拨给基地。
