很多人受到近亲结婚危害的宣传，产生了一种误区。以为近亲结婚，其所生子女就会不健康，甚至会是畸形。其实，这是一种误解。近亲结婚的危害是近代的话题，而在古代近亲结婚是很频繁。如《红楼梦》中的贾宝玉与林黛玉、薛宝钗，就分别是姑表亲与姨表亲。
在过去，“亲上加亲”的传统很流行，姑表亲、姨表亲通婚极为流行。在西方国家的历史上，近亲结婚也是极为普遍的，各国王室间贵族互相联姻，他们之间的血缘关系都很亲近，就连发现近亲结婚危害的达尔文也是娶了他的表姐的。可是，我们发现这并没有对其子女产生明显的后果，这又是为什么呢？
而在历史上，还经历过比姑表亲、姨表亲关系还亲近的婚配阶段。许多国家的民族起源，都传说是源於一对兄妹，如我国的伏羲、女娲，日本的伊邪那岐与伊邪那美等等。看过美剧《权力的游戏》也都知道，剧中的坦格利安家族，为保持其“高贵的血脉”，长期都是近亲通婚的。这其实是有一定的依据的，人们通常误认为，混血儿的优势更大，会呈现出更多的长处。但是，世界上混血最严重的地区--拉美地区，混血人种在智力、容貌、体质上却并没有呈现出更多的长处。
混血的确会引人新的优势基因，但同时也会造成其自身家族的优势基因的丧失或引人了劣势基因。我们都知道血统纯正的阿拉伯马及一些名贵犬之类，都是因其血统纯正而保有其品种优势的。其实，人类也是一样的。但是，长期过度地近亲结婚、近亲繁殖却也会让其家族的某些隐形疾病的基因得到累积。所以，在《权力的游戏》中瑟曦说：坦格利安家族生下的子女，要么是天才，要么是疯子。
不要以为坦格利安家族的故事只出现在小说中。在真实的历史上，古埃及的托勒密王朝就是长期奉行这种婚配关系的，如“埃及艳后”克利奥帕特拉的法理上丈夫就是她的亲弟弟。而日本皇室在历史上，哥哥娶妹妹、叔叔娶侄女这样的“乱伦”婚姻也都屡见不鲜。
我国在历史上也经历过“族内婚”的阶段，但应该也因此蒙受过灾难。因此在我国有确切历史记载的春秋战国时期，“同姓婚姻”成为了禁忌，如《左传》：“男女同姓，其生不蕃（昌盛）。《国语·晋语》又称：“同姓不婚，恶不殖也。”
后世的姑表亲、姨表亲虽也属于近亲结婚。但是，婚配的选择范围相对要放开的多。两个家族也不可能世代互婚，这在很大程度上就规避掉了“近亲结婚”的危害了。
近亲结婚的确会增加其子女不健康的可能性，但却并不意外着其子女跟不健康就划上了等号。澳大利亚的艾伦-比托教授曾花了30年的时间在11个国家进行了调查研究，发现非近亲夫妇生出畸形婴儿的机率是2%，而近亲夫妇生出畸形婴儿的机率只不过增加到4%而已，这个差距其实并不算大。所以，近亲结婚的危害还是存在的，却并没有人们想象中的那么明显。现今，近亲婚姻之所以成为禁忌，一方面是提倡了优生，另一面是文明礼俗的形成。
