由此，孙小果完成了“复活”的重要一步，刑期变成了有期徒刑20年。

调查发现，李桥忠夫妇同时又在监狱系统活动，操作违规减刑，时任云南省监狱管理局政委罗正云和李桥忠既是老乡又是战友，于是不顾原则答应给他帮忙。

调查组调取孙小果服刑期间的记录查证，发现多名监狱管理人员在领导授意下违纪违规，给予孙小果不正常的特殊待遇，孙小果每个月考核都是满分，连续七年被评为劳动改造积极分子，接连获得减刑。

尤其荒唐的是，孙小果还号称在监狱里发明了一个“联动锁紧式防盗窨井盖”，向国家知识产权局申请后获得了实用新型专利，第一监狱据此认定孙小果“重大立功”再次报请减刑。

调查表明，井盖设计图纸其实是孙鹤予托人从外面带进去的，当时云南省第一监狱有机械加工车间，从技术到材料都有便利条件，在一些监狱干警帮助下，同监其他懂技术的犯人制作出了模型。

孙小果的设计陈述材料经鉴定都不是本人笔迹，是同监犯人代写的。孙小果面对诸多证据，仍一口咬定井盖是自己发明，但谎言被调查组当场揭穿。

专题片透露，孙小果在云南省第一监狱总共减刑3次，2009年1月转监到云南省第二监狱，在二监又减刑两次，于2010年4月出狱，实际服刑时间只有12年5个月。

2019年12月23日，云南省高级人民法院对孙小果案经再审依法公开宣判，对之前两次改判依法予以撤销，维持1998年一审的死刑判决，并和他出狱后犯组织、领导黑社会性质组织等罪被判处有期徒刑二十五年的终审判决合并，决定对孙小果执行死刑。2020年2月20日，孙小果被执行死刑。

2019年12月15日，19名涉孙小果案公职人员和重要关系人职务犯罪案公开宣判，19人分别被判处两年至二十年不等有期徒刑。

2021年1月23日，中央纪委国家监委网站发布评论文章称：看似匪夷所思，却深刻反映了当时的风气积弊。不少人收受了孙家的钱物，但他们都表示并不是图财，更多的是“朋友圈”“战友圈”熟人请托，看的是人情和面子。最终，人情关系和领导意愿闯进了属于法律的空间，并凌驾在法律之上。

“大祸酿成，往往起于无数小环节的失守。每个人都松一个小口子，通融一下，最后就撕开了一个大口子。”

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