强化行政机关收集制作的证据效力
环境犯罪案件的证据有着极其特殊的时效性，案件中的关键证据如果不及时提取、固定和收集，经过多环节移送后，或者已经丧失了最佳的取证时机，或者因为没有妥善保存和管理而失去证明力。
我国刑事诉讼法规定，行政机关在行政执法和查办案件过程中收集的物证、书证、视听资料、电子数据等证据材料，在刑事诉讼中可以作为证据使用。
办法根据环境犯罪案件的特征，对刑诉法这一规定进行了细化，规定环保部门在行政执法和查办案件过程中依法收集制作的物证、书证、视听资料、电子数据、监测报告、检验报告、认定意见、鉴定意见、勘验笔录、检查笔录等证据材料，在刑事诉讼中可以作为证据使用。
对此，环保部要求各地在行政执法中要依法、依程序收集证据，取证做到真实、客观、准确，并发布了《环境行政处罚办法》和《环境行政处罚证据指南》等规范性文件，指导各地调查取证工作。
积极推进网上移送、网上受理、网上监督
办法明确要求各级环保部门、公安机关、检察院应当积极建设、规范使用行政执法与刑事司法衔接信息共享平台，逐步实现涉嫌环境犯罪案件的网上移送、网上受理和网上监督。
据环保部介绍，截至２０１６年底，全国大部分省份已建成行政执法与刑事司法衔接信息共享平台，浙江、江苏、广东、福建、河南、安徽等省份“全省一张网”的应用格局初步形成。各级政府法制机构与本级人民检察院、信息化主管部门有效加强了对本级及下一级执法系统有关平台规范应用与互联工作的督促及指导。
“检察机关已建成众多不同层级的信息共享平台并投入使用，正在改变过去‘大走访、大排查’的传统方法，监督模式日益迈向现代化。”黄河表示，现有包括四川、广东、上海、宁夏等在内１０多个省（区、市）已实现省、市、县三级连通，建成“两法衔接”大平台，检察机关、公安机关和环保部门可以信息共享。
