在桥梁的建设过程中，还需要密切注意珠江三角洲的自然环境，这意味着桥梁设计必须考虑到河道、水文以及航线，确保自然生态系统不受干扰。
为此，大桥的设计团队曾向全球多个团队咨询，向环境保护、导航、水文、航空、社会经济、桥梁工程、工程技术以及气象等各个领域的专家请教。港珠澳大桥总工程师苏权科曾表示，单是为了树一个坚实的地基，他的队伍就克服了80多个技术难题。大桥施工时采用了数字控制系统，得到了各地桥梁设计和建造者的认可。
一年多前，荷兰一家隧道工程咨询公司举行五星红旗升旗仪式，向港珠澳大桥岛隧的建设者致敬。英国《卫报》更是将港珠澳大桥称为“奇迹”。
