特朗普任内的南海巡航也有明显的强硬色彩。5月25日和8月10日，美军“杜威”号和“麦凯恩”号都进入了美济礁6海里以内，前者曾经停留数小时开展“落水人员搜救”演习，后者则随行了一架P3巡逻机。该巡逻机虽然没有进入美济礁近空，但也是美方前所未有的挑衅行为。7月6日，1架美军B-1B型超音速战略轰炸机在东海执行完针对朝鲜的威慑演习后，顺道南下进行了“南海飞行自由”行动。挑战南海成为了美军例行军事操练的“附赠品”。
从三次“自由航行行动”和一次“南海飞行自由”来看，美国在南海的军事行动不再寻求对冲中国在这一地区的军事存在，而具有实战操练和战术挑衅意味。美国军舰不断试用一些新的战术来测试我海军的现场反应，甚至采取“空海一体”的方式，测试我海军、空军的协调，以及岛礁上军事设施的应对。
有消息称，在特朗普授权下，美国军方在执行挑战南海岛礁的行动上拥有更大的自主权，这可能是此类行动频率增加、行动方式更为实战的主要原因。
相比文官政府，美国军方在南海议题上对中国有更强的敌意。在他们看来，保护美军在南海的通道安全是美国最重要的国家安全利益之一，而中国在这一地区的岛礁建设和“军事化”潜在能力是对通道安全最大挑战。
2,“自由航行行动”性质发生变化，成为对抗南海局势缓和的抓手
在南海议题上，特朗普的文官政府和军方的态度及做法有显著差异。前者基本延续了奥巴马政府的一贯表态，但不像国务卿希拉里那样如此看重这一议题，不当面挑战和驳斥中国方面的提议和表述。后者则从幕后走到了前台，更加积极地就南海议题发声，公然攻击中国所谓“南海军事化”、“违背国际法”等。
如美国太平洋司令部司令哈里斯就在7月28日的第四届日美军事发言人论坛上称，中国在南海的扩张行为是美国在亚太的三大安全威胁之一，与朝核并列。哈里斯甚至认为，中国在南海的行为已经表明它是美国和日本战略对手的身份。
事实上，这种差异是默许并且设计出的结果。就像在“自由航行行动”上赋予美国军方更大自由裁量权一样，白宫也让国务院和军方一个唱红脸，一个唱黑脸，让中国及地区国家搞不清美国真正的意图。
