而方舟子则认为，云南省普洱茶协会就这篇“科普文章”起诉，十分可笑。他甚至认为，这场争论本身与科学无关，而是一场关于利益与科学的论战，“这个争论本质上不是一个科学问题，普洱茶方来反驳我的基本上是听不出有科学依据的，所以他们只不过是出于经济利益不得不来反击。我那篇文章基本上都是在列举科学事实、科学理由还有一些论文作为论据，并没有说去捏造一个事实，所以他们说我造谣的话，这个是很荒唐可笑的。”
而方舟子认为，从科学的角度来看，那篇《喝茶能防癌还是致癌》文章没有问题。至少，他在文章里没有说喝普洱茶一定致癌，“我们现在只能说普洱茶易于被黄曲霉素这一类真菌毒素污染。黄曲霉素是一类的致癌物，这是世界公认的，一个致癌物如果摄入了，就有致癌的风险。”
不过，虽然双方对文章内容本身的理解判断分歧比较大，但在其中一点上，方舟子和董胜的观点是相似的。那就是：目前的科学研究不能证明，普洱茶与致癌这二者之间有必然联系。
董胜指出：“普洱茶的整个理化指标是在所有的茶类中占比最高的，不管是茶多酚，茶黄素、茶红素，对人体有益的益菌理化指标是清晰的。至于说它防癌，从陈宗懋院士、茶的科研机构提出来，它有一定防癌效果的。”
方舟子表示：“至于说喝普洱茶跟癌症之间的必然联系，是没有人做过研究的，并没有人去调查过是不是喝普洱茶的人得癌症的风险比较高。我们只能说根据普洱茶里普遍的含有黄曲霉素，可以推出如果喝了普洱茶，致癌的风险就有可能比较高。”
