虽然欧盟在应对非法移民潮方面取得较大进展，但仍然面临许多挑战，其中就有难民的重新安置问题。2015年9月，针对二战以后的最大难民危机，欧盟成员国内政部长通过了转移安置从意大利、希腊等国进入欧洲的12万难民的方案。再加上之前已经同意转移安置的4万名难民配额，欧盟计划在两年内转移安置16万难民。时至今日，两年的期限已近结束，但是实际得到安置的难民人数只占到计划人数的15%左右。
更令人担忧的是，难民重新安置计划导致欧盟内部出现裂痕，捷克、匈牙利和波兰一直拒绝参与这项计划。匈牙利和斯洛伐克政府此前还以难民分摊方案没有获得成员国一致通过，程序非法为由，向欧洲法院提起诉讼。欧委会则针对捷克、波兰和匈牙利启动了违约调查程序，并最终有可能对三国进行罚款。
值得注意的是，欧洲法院刚好于9月6日宣布驳回两国政府的诉讼状，裁定欧盟2015年9月通过的难民分摊方案合法。对此，阿夫拉莫普洛斯在新闻发布会上说：“根据这项裁决，欧洲法院确认欧洲的确出现了以难民突然涌入为特征的紧急情况；欧盟提出通过重新安置计划来应对这种情况是恰当的，它的意义在于帮助希腊和意大利应对难民危机所带来的影响。现在已经没有时间可以浪费了：所有成员国都应该集中精力履行重新安置义务。”
阿夫拉莫普洛斯还呼吁所有成员国继续共同努力，推进欧盟在难民问题方面所取得的进展，并确保各成员国之间公平分担责任。
