如果防护不严，蛙人如果在海港内设施的水下部分或水下设施预置爆炸装置，以及在舰船底部预置吸附式爆炸装置，就可在对手不经意之间，选择时机遥控引爆，轻易摧毁基地设施和舰船。
因此，为了保证基地设施和入港舰船的安全，各国都会对蛙人渗透保持高度警惕，有众多防御措施可供选择。
比如，可以在己方基地所在水域的外围设置水下“警戒哨”，预知己方舰船进港情况，发现意外“闯入者”。蛙人在水下活动，不管其装备如何先进、技能怎样娴熟，无法逃脱阿基米德定律，其搅动身边的水体，必然发出水声水波，通过水下声呐就能发现蛙人的活动情况。
在重要水域或水下设施周围设置声呐，可以发现渗透到这一水域的蛙人，在舰船底部的重要部位设置声呐，可以发现企图侦察己方舰船底部情况或者进行破坏的蛙人。平时，对“闯入者”可进行光电照射、喊话警告驱离，战时可实施抓捕甚至消灭。
同时，可以采用蛙人对蛙人的方式，派遣己方蛙人在重要区域进行水下巡游，及时发现对方蛙人的活动；也可派遣己方蛙人前出到对方活动水域附近，进行警戒和反侦察。
另外，美国海军利用受训海狮阻止对方蛙人渗透的方式，被实践证明非常有效。尽管水下无人潜航器发展迅速，但迄今没有机器人能够像受训海狮那样追捕和驱赶蛙人。此类方法也可借鉴。
