“用庄先生的名字命名，是想赋予研究所鲜明的个性和一流的基因。”何鸣元院士说。据介绍，庄长恭研究所做的工作，将不同于两个合作单位之前所做的工作，双方希望这里成为“创新所需要的土壤”，能够成为科教融合的一个品牌。
庄长恭研究所主要招收研究生，目前侧重于有机化学的方向。“不过，我们希望学生的心中没有学科界限，在和其他学科交叉融合以后，寻找到自己感兴趣的方向。”何鸣元院士说。他将在研究所的管理委员会工作，该委员会负责对导师的遴选和考核，并让其保持流动状态。既能做科研，又对培养学生有经验的导师将会受到欢迎。
庄长恭研究所所长由丁奎岭担任，副所长由上海有机所副所长马大为和华东师范大学教授杨海波担任。
