火箭升空需要液氢作燃料，制备高纯液氢燃料的关键之一是必须去除其中的痕量氧，否则无法安全生产运行。卢佩章接受了任务，组建科研小组，开始了长达20年的科学探索。他们利用分子筛色谱技术开始了超纯气体净化和测试的研究，并为工业生产超纯气体提供了方法和手段，由于成功研制了当时国际上仅少数国家才能生产的新型吸附剂——分子筛，并敏锐地察觉到这种吸附剂用作催化剂将有特殊性能，使我国先于国际上其他国家首先研制成功脱氧分子筛105催化剂。
卢佩章一直称自己是“集体中的小兵”。他曾说，“几十年来的研究，我深切体会到抓准国家任务的重要性。”首先要针对自身的特点选准任务，并根据历史发展及时调整。为了更好地完成任务必须在科学上勇于创新，必须有坚强的理论基础。也就是说科研选题要“国家最需要，我们最合适，赶超瞄得准”，并且要“任务带学科，学科出任务” 。“我们必须有一个有共同思想的强大集体，我自己的任务仅仅是大海里的一滴水，我是集体中的一个小兵，一个对国家、对集体负责的小兵。”
卢佩章研究色谱分析半个多世纪，荣获各种奖励20余项。250余篇论文以及大量专著，凝结着他数十年科学探索中的丰硕成果和心血。
上世纪90年代初，卢佩章提出不再担任研究领导和学会的领导工作，而是将重点转向培养年轻一代上，使年轻人能挑起更重要的担子。
在担任科研任务期间，他培养了新中国成立后第一批色谱科研人员。改革开放后，他先后培养研究生30余名，现在都已成为我国色谱界的中坚力量，取得了很多成果。卢佩章曾由衷地说：“看到他们干出成绩，比我自己成功还高兴。”
张青1996年跟随卢佩章攻读博士研究生，他说：“老师对学生的教导十分严格。从前上学的时候，每次被老师约谈，面对各种刨根问底，头上都会冒出一层冷汗。现在回想，能遇到这样的老师，真是一种幸运啊。老师的弟子并不是特别多，但挑大梁成为国际色谱界著名专家的很多。”
卢佩章把培养年轻一代作为己任，不仅注重培养年轻人严谨的学术思想和创新精神，更重要的是培养年轻一代热爱祖国热爱科学。卢佩章告诉过许多人：“中国的科学家应该有一颗热爱祖国、热爱科学的心。我不相信一个只追求个人名利的人，能在科学上作出更大的贡献。”
