不过，根据民进党议员玉木雄一郎出示的文部科学省内部文件，相关官员在谈到事情的审议过程时提到，“听说这是首相的意思”，“这是首相官邸最高层说的”。
分析认为，森友学园购地丑闻之所以出现不了了之的迹象，是因为在所有环节当事人都未能拿出安倍夫妇亲自干预学园廉价获得土地的证据。如果是各级官员在自己“忖度”的基础上作出的决定，无论“忖度”事实是否成立，都无法追究安倍的个人责任。然而，如果此次民进党议员出示的文件属实，那么安倍利用首相身份为好友谋私将被认定为事实，这种以权谋私的行为一旦坐实，将对安倍内阁造成毁灭性打击。
17日，安倍面对记者的再三追问始终保持缄默。代表政府意见的官房长官菅义伟在例行记者会上明确否认了内部文件的真实性，他说：“说什么‘这是首相官邸最高层说的’，又或者‘听说这是首相的意思’，完全没有这样的事情，我也没从首相那里得到过相关指示。”
不过，由于连续出现类似丑闻，自民党内部已经开始出现不同声音。由今治市选出的自民党籍众议员村上诚一郎说：“这样的事情，在很长一段时间里不断出现，还是让人难免质疑（首相）的一系列的言行是有问题的。加计要开学校，如果他自己掏钱当然没问题，让今治市这样预算本来就不宽裕的地方掏将近一百亿日元，说真的，我也很为城市未来的财政状况担忧。”
另一方面，日本兽医师会顾问、曾经出任农林水产副大臣的原自民党籍议员北村直人向记者证实，据传是文部科学省内部文件中有关他的发言的记述是可信的，因此文件本身的可信度颇高。
围绕这份内部文件真伪的相关讨论，预计在未来几天，将成为日本朝野角力的焦点。
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