有批评者称，新规有太多的豁免。比如一些转基因原材料如果经过了“高度加工”，最终产出的食品可由生产商自愿而非强制标注。这意味着，一些从转基因作物提取的成分可能被排除在转基因食品之外，包括从转基因甜菜提取的糖、用转基因玉米生产的玉米糖浆、转基因菜籽生产的油等。
美国致力于推广有机农业的组织“食品安全中心”认为，5%这一阈值设得过高，这样会有许多使用了转基因原材料的食品免于标注。该组织负责人安德鲁·金布雷尔说，美农业部背叛了公众的信任，剥夺了他们对食品生产过程的知情权。
还有一些组织从消费者权益的角度批评新规对消费者仍“不够友好”。比如，标识文字没有直接使用“转基因食品”而用了“生物工程”，大多数消费者对这一说法并不熟悉。
此外，有人指出标识方式过于宽泛，尤其是扫码查询的方式给生产商提供了隐藏转基因信息的机会，因为许多低收入人群没有智能手机。
目前，主流科学界认为市场上的转基因食品可安全食用。比如，美国国家科学、工程和医学学院2016年曾发布报告确认，转基因食品对健康无不利影响。
