日本国内一直有声音反对将陆上自卫队的指挥权统一化，认为这可能会导致其出现失控风险。此外，“陆上总队”中还设置了可与美军司令部共享情报的联络窗口，此次陆上自卫队改编也被指存在加速日美军事一体化的目的。
陆上自卫队幕僚长山崎幸二２２日也在例行记者会上表示，陆上自卫队新设“水陆机动团”的目的之一是强化与美军及其他自卫队之间的协同作战能力。
《冲绳时报》指出，“水陆机动团”核心人员曾频赴美国进行训练，学习美军装备的操作方法及海军陆战队的战略战术。除提升自卫队自身水平之外，这其中也存在通过强化日美合作提升一体化运用能力的考量。
日本共产党２７日在机关报纸《赤旗新闻》网站发表声明，批评在新安保法实施的背景之下，“水陆机动团”的设立恐将成为打造自卫队与美军在海外协同作战体制中的一环。
另据日媒报道，“水陆机动团”计划未来增设第三个联队。由于日美此前同意冲绳的美军海军陆战队在２０２０年后将９０００人迁至关岛，第三个联队将有可能配置于冲绳美军基地汉森营。一直以来，冲绳民众对岛内军事基地导致的负担过重及日美军事一体化加剧存在强烈不满。《东京新闻》指出，这一动向一旦被证实，将引发当地民众的反弹。
