不过，事情的发展出乎意料。3月2日，日媒报道称，有证据显示财务省曾对递交给国会的“地价门”土地买卖审批文件进行篡改。7日，负责森友问题的日本近畿财务局男职员死亡，被初步认定为自杀。9日晚，在森友学园问题上受到批评的日本财务省前理财局局长、现任国税厅长官佐川宣寿辞职。
资料图：安倍晋三（右）、麻生太郎（左）
终于，3月12日，日本财务省向国会承认对“森友学园”土地买卖相关审批文件进行了篡改，被篡改的文件多达14份 。改写时间发生在2017年2月以后，即土地大幅减价出售问题被曝光后。删除部分还包括首相夫人安倍昭惠以及多名政治家的名字。日本在野党将追究改写的指挥系统和动机，要求安倍和麻生太郎辞职。日媒称，这将对安倍晋三的执政造成打击。
安倍晋三12日就森友文件改写问题道歉称，“动摇了（民众）对整个行政（体系）的信赖，深切感受到作为行政首长的责任。向国民深表歉意。”
