2003年，美军坦克在巴格达地标胜利之手拱门前
放虎归山
2004年2月2日巴格达迪在伊拉克安巴尔省费卢杰附近被驻伊美军逮捕，并被关押在巴格达中央监狱，随后作为民事罪犯押往布凯监狱。由于没有足够的证据表明巴格达迪直接参与了武装叛乱，驻伊美军于2004年12月将这位“低等级囚犯”释放，与他一同被关押并一同被释放的囚犯中有许多未来“伊斯兰国”的头目。
巴格达迪2004年进入布凯监狱时所拍摄的照片
出狱后的巴格达迪在巴格达大学继续攻读伊斯兰教神学博士，2006年他在古兰经诵读领域获得了博士学位。当年他和他的支持者一同加入了“伊拉克圣战者协商议会”（MSC），他在该组织是伊斯兰教法委员会的一员。“伊拉克圣战者协商议会”于同年年末更名为“伊拉克伊斯兰国”（ISI），巴格达迪也获得了晋升，成为该组织的伊斯兰教法委员会的委员长与高层协商会议的成员。
巴格达迪加入“伊拉克圣战者协商议会”后所拍摄的照片
“伊拉克伊斯兰国”日后变成了“基地”组织在伊拉克的分支，在前任头目死亡后，巴格达迪在2010年5月16日接任成为该组织头目，负责策划大规模恐怖袭击与武装叛乱。在巴格达迪指使下，在2011年3月至4月间，仅仅在巴格达南郊就发生了23起恐怖袭击。
2011年12月22日巴格达连环爆炸案现场，巴格达迪的“基地”组织伊拉克分支宣布对此负责
在“基地”组织的创立者与头目奥萨马·本·拉登于2011年身亡后，巴格达迪发表声明赞颂本·拉登并威胁要发动100次不同形式的暴力袭击为其复仇。随后，在5月、8月与12月，伊拉克希拉、摩苏尔与巴格达相继发生多次恐怖袭击，近200人死于自杀式袭击与路边炸弹袭击，逾400人受伤。那个曾经反对暴力的害羞的年轻人，如今已成了嗜杀成性的恐怖大亨。
