面对在野党的国会质询，安倍凭借议席优势，采取敷衍甚至嘲讽的态度作为回应。他拒绝了首相夫人到国会作证的要求。在加计学园问题上，先是否认与己有关，然而随后文部科学省前官员的发言和相关文件都显示，存在“首相的意向”“最高层授意”等事实。
2017年6月19日，日本首相安倍晋三在国会闭幕后的例行记者会上，对自己有关加计学园和森友学园问题的国会答辩表现进行反省。
日本文部科学省20日公开一份有关“加计学园”的谈话记录，显示首相安倍晋三亲信、内阁官房副长官荻生田光一在与文部省官员谈话时传达了安倍的“口谕”，进一步加深安倍为其好友、加计学园理事长加计孝太郎办校搞特殊、开绿灯的嫌疑。
在这次谈话结束后3个月，加计学园获批享受“国家战略特区”扶持政策在爱媛县今治市新设兽医学院。随后，加计学园免费拿到办学用地，还将获得当地市政府提供的最高可达96亿日元（约合5.9亿元人民币）的补助。
内阁官房长官菅义伟20日重申，安倍与加计学园新设兽医学院一事无关，但他表示，安倍不会就此召开记者会亲自向民众解释。民进党、日本共产党等在野党20日要求对此事进行集中审议，并邀请前文部省官员出席作证，但遭到自民党拒绝。
安倍政府在应对加计学园问题上继续保持一贯的强硬态度。
根据《朝日新闻》17日至18日展开的民意调查，有66%的受访者表示难以接受安倍在加计学园问题上的解释。
受加计学园丑闻等影响，安倍内阁6月的支持率大跌。据日本共同社最近进行的日本全国电话舆论调查，安倍内阁的支持率跌至44.9%，比上月大跌10.5个百分点，这是自2016年4月安倍内阁支持率首次跌至50%以下。
同时，安倍内阁的不支持率为43.1%，不支持的受访者中有41.9%认为“首相无法信任”。另在日本《每日新闻》的民调中，安倍的支持率也下跌了10个点，到36%，创下自2012年12月安倍任首相以来的最大跌幅。
除此之外，安倍政府强推“共谋罪”入法，也成为安倍支持率下降的主要原因之一。6月15日上午，日本国会参议院通过安倍内阁提出的“恐怖主义等准备罪”法案。该法案在日本一直存在巨大争议。
安倍内阁方面宣称，成立该法旨在完善国内法律，加强与国际社会合作，防范、处罚恐怖主义集团及其他有组织犯罪，确保2020年东京奥运会平安顺利举行。
