此次杜特尔特访日，日本政府还不断引入南海话题。有日本政府官员对日媒透露，杜特尔特访日期间，日菲就尊重南海仲裁案裁决结果达成共识。对此，中国外交部发言人陆慷27日表示，杜特尔特总统访问日本期间作出的公开表态与访华期间表态的精神是总体一致的。我想，准确理解菲律宾政府的立场，还是听一听菲律宾领导人本人的表态更加可信些。陆慷说，当前，在中国与包括菲律宾在内的有关各方共同努力下，南海局势正在朝着缓和、积极的方向发展，有关各方也正在为通过对话协商妥善处理南海问题而共同努力，这是地区绝大多数国家的共同感受和期待。如果还有个别国家抱着一些不切实际的幻想，我们劝他还是趁早丢掉吧。
有美国媒体报道说，杜特尔特访日期间与日本签署了军事和经济协议，此前日本已对菲出售10艘巡逻艇。中国国防部新闻发言人吴谦上校27日回应《环球时报》记者提问时说，“我们一贯主张有关国家之间的军事合作不应针对第三方，不应损害地区和平与稳定。需要指出的是，域外国家不应插手地区事务，要多做地区和平的维护者，而不是搅局者。”
