2016年6月30日，杜特尔特在菲律宾的马拉卡南宫正式宣誓就职，成为菲第16任总统，任期为六年。他在竞选时曾向选民保证将严打犯罪，尤其对铲除菲律宾泛滥的毒品，他曾放言“干掉10万人，尸体丢进马尼拉湾喂鱼”。杜特尔特在就职典礼上宣布将对犯罪分子“杀无赦”后，菲律宾政府在全国范围内，实施大规模终结毒品交易的“反毒品战争”。毒品犯罪与腐败、贫困并称是菲律宾的三大痼疾。菲律宾许多乡镇存在毒品犯罪问题，毒品犯罪覆盖首都马尼拉绝大部分区域。
7月25日，菲律宾马尼拉，总统杜特尔特发表就职后首场国情咨文。
71岁的杜特尔特对毒品深恶痛绝，他在曾担任菲南部最大城市达沃市市长22年，期间就以“铁血”闻名。在他的其任期内，这座高犯罪率的南部城市已变为菲律宾最安全的地区之一。2015年，达沃市荣获“世界第九大安全城市”称号。《菲律宾星报》7月21日报道称，菲国家警察局的记录显示，在7月中上旬，已有207名涉嫌贩毒和吸毒人员丧生。自首者更是多达十几万。为警告涉毒嫌犯，菲警方已经搜查61806家住户。1个多月来，常见有街头被击毙者身上挂着牌子，上面写着“我是毒贩，别效仿我，不然这将是你们的下场。”菲律宾警方高层直言：“有许多当选的社区负责人是用毒金作为竞选资金。如果这种趋势不被阻止的话，毒金将会用于政治。菲律宾正在毒品政治的边缘，毒品交易量在过去6年里不断上升。”据菲新社报道，菲首席检察官乔斯卡里达透露，菲毒品交易规模可分5个层级，交易最多的一级，毒贩能在每笔交易中卖出100公斤或更多的毒品。菲国家警察局局长德拉罗萨表示：“如果我们不这么做，我们将成为涉毒政客和涉毒恐怖分子的喽啰。我们到现在才有一位这样有种——请原谅我这么说总统阁下。他是如此强悍，正对毒品发动零容忍的战争。”据报道，7月5日，杜特尔特在空军庆典中揭发了5名警方高层，这些警官因涉嫌为毒枭提供保护伞而接受调查，其中3人被当场宣布革职。
7月14日，菲律宾马尼拉，菲律宾警方打击非法毒品犯罪，缴获大批冰毒。
8月3日，菲律宾莱特岛，警方警方在涉毒市长Espinosa的住宅进行搜捕行动，击毙了至少6名Espinosa的支持者。
杜特尔特政府对于毒品的打击，也促使多名高官自首。2016年8月2日，菲律宾阿尔布埃拉市的市长罗兰多 埃斯皮诺萨（Rolando Espinosa）因涉嫌参与毒品交易，向国家警察局长自首。次日，菲律宾警方对埃斯皮诺萨的住宅进行搜捕行动，过程中击毙了至少6名该市长的支持者。
随着被击毙的毒贩人数不断上升，一些民众开始对反毒行动产生质疑，人权团体呼吁总统杜特尔特着手调查此事。菲律宾人民律师联盟秘书长艾德瑞表示：“虽然我们都痛恨毒品，也希望毒品消失，但不该对街头吸毒者及贩毒者展开轻率且牵强的处决，这种大开杀戒的情况必须停止。”多名国会议员也提出议案，呼吁调查“法外杀人”事件。按照《华尔街日报》的观点，菲律宾在这场“血腥的”禁毒战争中面临一个问题：菲当局无法满足众多瘾君子突然呼吁政府帮助他们戒毒的要求。
