菲政府6日随后对杜特尔特的话做出澄清。《菲律宾每日问询者报》6日称，菲武装部队发言人当天说，总统充分了解目前南沙群岛的局势，“我想他的意思是希望改善(菲控制的岛礁上)驻军的生活条件”。他还表示，相信南海争端不会升级，“我们与中国开启双边磋商，中方表示愿以和平的方式商谈任何问题”。菲律宾武装部队发言人6日称，鉴于中菲现在有良好的沟通渠道，杜特尔特访问中业岛的计划“应该不会影响双边关系”。杜特尔特究竟是否登岛，菲方将综合各种因素作出决定。
海军军事学术研究所研究员张军社6日接受《环球时报》记者采访时表示，杜特尔特6日的发言有两点需要澄清：媒体报道是否真实？他的话是随意、还是严肃的？值得注意的是，菲律宾国防部和杜特尔特在南海问题上的步调并不一致，国防部官员之前热炒“中国科考船经过宾汉隆起”一事，曾遭杜特尔特委婉批评。张军社认为，在目前的情况下，菲律宾在南海问题上转向的可能性并不大。中菲两国经贸关系发展良好，杜特尔特此前访华期间敲定的很多经贸合作项目还没有展开，此时讲这个话，对菲的国家利益没有好处。
厦门大学特聘教授、华侨大学讲座教授庄国土6日告诉《环球时报》记者，杜特尔特的话，可能是在菲律宾国内亲美派政治势力的施压下，不得不做的“表态”。受美国唆使，菲国内一些亲美势力在内政和外交方面向杜特尔特施压。内政方面包括法外处决毒贩，而对外则包括南海问题。
