做学术研究一定要有“板凳甘坐十年冷”的精神，为了查资料，马敏在“故纸堆”一泡就是大半年。在前期扎实的积累下，20世纪90年代，马敏的学术成果进入高峰期，连续出版了《传统与近代的二重变奏：晚清苏州商会研究》（与朱英合著）、《过渡形态：中国早期资产阶级构成之谜》《官商之间：社会剧变中的近代绅商》等多部力作，在《中国社会科学》《历史研究》《近代史研究》等学术刊物上发表百余篇学术论文，尤其在辛亥革命史、商会史、博览会史、中外文化交流史等研究领域中取得突出成就，奠定了他在中国近代史研究领域的学术地位。

治学求真，治事亦然。1999年，马敏被任命为华中师范大学副校长，再从副校长到校长再到党委书记。在校领导岗位上，他始终坚持“以生为本，以师为先”的办学理念，即便行政工作繁重，他每个学期也坚持为本科生或研究生开一门课。毕业典礼上，他应学生之邀，拿着自拍杆与大家一起合影。细微之处见真情，“以生为本”的背后是马敏对学子的真切关爱，也正是因为这份关爱，让他成为学生们眼中平易近人、温和宽厚的“马校长”“马书记”。

“学者不要隔绝于国家发展之外”“只做学者，独善其身，可以把学问做得很出名，但我觉得学者更应当以开放的胸怀和高度的责任感关心现实、参与现实，为社会发展作点贡献。”在担任校领导之余，马敏一直关注农村基础教育，面对东西部地区教育不均衡的问题，在他的推动下，华中师范大学同四川凉山州结成教育扶贫的对子，通过信息化来推动农村教育发展，让孩子们享受到最好的教育资源。“捧着一颗心来，不带半棵草去。马敏代表了这个时代知识分子的社会良心，他们的努力，让广大农村地区教育得到大幅度改观。”凉山州的一位家长说。

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