进入21世纪，百花村推出重大举措：经营主业向新兴产业信息产业转移。
2001年，经乌鲁木齐市人民政府批准，百花村软件园有限公司成立，填补了新疆信息产业发展的空白。百花村软件园逐步形成了软硬件研发、电子信息产品展示及销售服务一条龙产业链，成为全疆信息产业的集聚地和信息企业的“孵化器”。
2002年1月29日《新疆日报》刊发的《百花村软件园开园》一文说：“曾经以餐饮闻名区内外的新疆百花村，将以打造新疆信息产业航空母舰的创举再度扬名。”
“联想、方正、海尔、TCL、康柏等国内外近百种品牌的电脑与软件产品近日已陆续荟萃新疆百花村软件园，百花村欲打造的新疆IT航母雏形初现。”2002年4月4日《新疆日报》刊发的《百花村打造IT航母》这样报道。
近几年，百花村置入成长性较好的医药研发服务标的企业资产，收购南京华威医药公司100%股权，顺利完成重组，主营业务转型为医药研发服务和生物制药。2016年6月，百花村重大资产重组方案经中国证监会上市公司并购重组审核委员会审核获有条件通过，标志着重大资产重组取得成功。
伴随改革开放大潮，百花村几经风雨，尤其是上市后，走过了一条并不平坦的发展道路。如今，百花村已成为综合性集团公司。
“改革开放以来，百花村不懈探索、勇往直前，时至今日依然如其名般‘百花’吐艳。”新疆百花村股份有限公司董事长郑彩红说。
