从内部管理方面看，要提高劳产率，降低人工成本。受制于高密度的客货混跑、严要求的安全控制力度、点多线长的运营等实际，铁路企业用工数量多，人均劳产率还不高。2005年时，原铁道部撤销了41个铁路分局，并将站段由1526个减至633个，减幅58.5%，铁路全系统指标大幅提升。但是2013年之后，除新建铁路开通运营确实需要新成立单位之外，很多铁路局又相继新建和恢复了一些原有站段。目前看，铁路企业一些管理机构和组织过于庞杂，科技化、集约化、信息化、网络化的管理手段利用还不够；运输生产一线管理层人员数量占比过高，需要精简机构，精干管理层，补强作业层。
此外，铁路属于劳动密集型行业，人工成本是铁路企业的主要成本。但是按照国家人社部《劳务派遣暂行规定》,国企劳务派遣用工数量不得超过其用工总量的10%。按照传统管理思路，铁路企业难以实现灵活用工，形成了较大数量的正式员工队伍。深化铁路改革，铁路企业应该向市场化程度较高的其他中央企业学习，在很多生产和服务领域，完全可采用业务外包、服务外包、项目外包等形式，通过加强社会合作，灵活用工用人，降低人工成本，并在高危风险生产环节，探索机械化、智能化发展，较少用工，提高企业效率效益。
深化铁路改革谁担责？
铁路是国民经济大动脉、国家关键基础设施、综合交通运输体系骨干和重大民生工程，是经济社会发展的基础保障和支撑。深化铁路改革，责任重大。对于涉及到全局性、整体性、系统性的战略决策和实施推进，必然存在一定的风险。如果谋划不周、仓促行事，或者为改革而改革，很可能造成难以挽回的重大损失和历史遗憾。
纵观世界铁路史，铁路改革鲜有成功的国家，改革不成功的案例比比皆是。美国、日本、英国、法国、德国等国家此类失败案例诸多。德国国铁曾在50年间，经历了16次改革失败，背负着沉重的债务。英国铁路改革，几近反复，仅1997-2002短短5年中，接连发生13起严重事故，导致59人死亡，数百人受伤。2010年英国发布的《铁路重建报告》指出，1997年至2010年间，英国人的铁路出行的成本上升了17%；此外，每年因系统碎片化和私有化造成的损失为12亿英镑。
2000年前后，在原铁道部部长傅志寰领导下，采用欧盟的“网运分离”模式进行中国铁路改革试行，在各路局组建了客运公司，轰轰烈烈改革，最终却以失败告终。因为“网运分离”的最大弊端，就是增加了运输公司与路网公司之间的交易成本，内耗增加，使整个铁路运输系统效率有所损失。至于是否推进区域重构，要充分结合国家战略和经济社会发展实际，长远考量，不可盲目冒进。例如，边疆铁路局还有承担巩固地缘安全稳定和“一带一路”桥头堡国际枢纽的作用。
