1929年杨匏安回到上海,在中共中央机关工作,参加编辑党刊;1930年任中共中央农民部副部长。
1931年7月,杨匏安因叛徒告密被捕,关押在淞沪警备司令部。蒋介石曾亲自出面劝降,都遭到杨匏安的严词拒绝。8月,杨匏安在上海英勇就义,时年35岁。
为了纪念杨匏安,2003年,烈士故乡的北山小学更名为杨匏安纪念学校,并建起烈士塑像。该校被评为全国文明校园、全国足球特色学校、广东省基础教育试验基地。每逢清明节、杨匏安烈士诞辰纪念日,全校1200多名学子都会聚在校园中央的杨匏安塑像前,通过红色诗词吟诵、故事表达等方式缅怀英烈,将真理的星火代代相传。