收获后小麦在储藏前，应定期监测小麦储藏场地温度、湿度及籽粒水分含量，根据水分含量适时调节储藏温度和湿度。定期检测储藏小麦镰刀菌毒素含量，根据《食品安全国家标准食品中真菌毒素限量》（GB2761-2017），脱氧雪腐镰刀菌烯醇（呕吐毒素）含量超过1000g/kg或玉米赤霉烯酮含量超过60g/kg的小麦应予以分离、单独存放，并及时通知相关部门处理。
在小麦运输环节，运输前后应对运输工具和储存容器进行清洁干燥。必要时，可使用登记注册的杀菌剂消毒运输工具。运输过程应采用密封容器、加盖苫布等措施，防止小麦在运输过程中受潮。运输过程中连续高温（30℃）的时间不得超过5天。
2018年，我国小麦主产区，尤其是长江流域、淮河流域以及黄淮南部麦区，全面开展了小麦赤霉病防治工作，有效遏制了赤霉病造成的减产威胁。但由于部分地区小麦生长后期雨水较多，并出现不同程度的倒伏现象，小麦质量安全依然需要高度重视。黄淮、长江中上游及江淮流域麦区已经收获，各地应该因地制宜控制小麦质量安全关键风险点，抢晴收获、及时晾晒或机械烘干，确保小麦丰产丰收、优质安全。国家农产品质量安全风险评估团队
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镰刀菌毒素是镰刀菌属真菌产生的多种次生代谢产物的总称，在自然界中分布极为广泛，是危险的食品污染物，对人畜健康危害十分严重。
有些种类的镰刀菌能在各种粮食中生长并能产生有毒的代谢产物，如玉米赤霉烯酮、串珠镰刀菌素C和单端孢霉素类等。玉米赤霉烯酮可使猪发生雌性激素亢进症，单端孢霉素类则阻碍蛋白质合成而引起动物呕吐、腹泻和拒食。
镰刀菌毒素污染在全球范围内易多发，主要原因是谷物在田间受到禾谷镰刀菌等真菌侵染，导致小麦发生赤霉病和玉米穗腐病，在适宜的气温和湿度等条件下繁殖并产毒。全球许多国家和地区都制定了相关限量标准。食品中的镰刀菌毒素在标准限量范围内不会对消费者健康构成风险。
