但此次审计发现，有的地区小水电无序开发，强度过大，过多地考虑经济利益而对生态保护重视不够，对生态环境造成了一定的负面影响，主要是：建设密度过大，有的未经环评开工建设，有的在已划定的自然保护区内建设，有的生态流量未得到有效保障，减水脱流现象有所加剧，甚至造成了河流断流。
多个开发区存在破坏生态问题
长江经济带上游地区是我国重要的生态屏障，但此次审计却发现，有62个开发区位于重点生态功能区或与禁止开发区域重叠，其中18个是在全国主体功能区规划实施之后设立或扩建的，不利于这些地区的生态保护。
审计公告称，有7个省有关市县突破国家、省两级审批制度，自行设立开发区249个（其中2016年以来新设8个），占地447万亩，其中有72个设立5年以上但建成率不足五成，还有10个与基本农田重叠2.77万亩。
审计署有关负责人说，有的地方自行设立的一些园区土地利用效率不高，有的园区生态环境保护和污染防治措施不到位，对区域生态环境保护带来不利影响。
除了破坏生态、浪费土地资源外，部分开发区还存在水污染防治不到位的问题，有的未按要求建设污水集中处理设施，有的虽建成污水集中处理设施，但未安装在线监控装置或与环保部门联网，有的因管网不配套等原因污水处理效果不佳。
5个重要湖泊水质较差
审计公告称，尽管我国长期持续整治洞庭湖、鄱阳湖等5个国家重要湖泊，但由于统筹治理不到位等原因，这些重要湖泊2017年的水质仍为IV类及以下，水质较差。
鄱阳湖等5个国家重要湖泊水质中的总磷、总氮超标。审计署相关负责人说，湖泊环境治理具有复杂性、长期性的特点，有的湖泊由于入湖污染物长期累积，污染源头控制不够坚决，湖体与支流统筹治理不到位等，污染负荷依然较大，水质没有明显改善。
