１９２１年暑期，于方舟化名于绍舜考入南开大学，研究马克思学说并组织了马克思主义研究会。１９２２年，于方舟经李大钊介绍加入中国共产党。在李大钊领导下，建立社会主义青年团天津地区执行委员会，任委员长。第一次国共合作时，于方舟代表直隶省出席了国民党第一次全国代表大会，当选为国民党中央执行委员会候补委员，并任直隶省党部执行委员。同年，在中共中央和地方区委领导下，主持成立了中共天津地方执行委员会，任书记。

１９２７年大革命失败后，党确立了实行土地革命和武装起义的方针，各地纷纷举行武装起义。１０月，北方局制定了《北方暴动计划》，决定在京津地区发动大暴动。于方舟以中共顺直省委组织部部长身份领导了冀东第二次玉田暴动。在战斗中起义部队遭到反动民团包围，分散突围时在丰润县河流沙地区被敌人包围，不幸被捕。１９２７年１２月３０日晚，于方舟被敌人杀害，年仅２７岁。

在天津市宁河区烈士陵园，矗立着一面独具特色的黑色大理石烈士墓墙，相关负责人介绍，烈士墓墙宽４８．１２米、高２．７米，宽度象征宁河人民解放时间，高度代表于方舟烈士牺牲年龄。

烈士陵园内修建了于方舟烈士纪念馆，馆内陈列着于方舟生前读过的书籍、撰写的文章、诗文等，再现了他组建天津共产党、开展学生运动、领导农民暴动等重要革命活动的历史画面。

于方舟是天津五四运动杰出的领导者之一，也是天津早期党团组织的重要负责人。南开大学于１９８４年１０月１７日建校６５周年之际，在图书馆与新开湖之间的空地上修建了于方舟烈士纪念碑，以缅怀他在革命中做出的贡献。

南开大学毕业生褚亭如说：“纪念碑南侧是碧波荡漾的新开湖，北侧是藏书百万的校图书馆，当年读书时每次路过这里都会产生一种爱国情怀，于方舟的精神一直激励着我们发扬革命传统，成为优秀的南开人。”

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