条例建立了自然岸线保有率管控制度。规定由福建省政府确定沿海各设区的市自然岸线保有率目标任务，并纳入政府绩效考核体系，确保福建省自然岸线保有率高于国家下达福建省到2020年大陆自然岸线保有率不得低于37%的要求；福建省政府和沿海各市、县、区政府每年开展一次自然岸线保有率统计，并向社会公布统计结果；沿海设区的市政府海洋与渔业行政主管部门负责划定自然岸线保护范围，经同级政府批准后向社会公布。
条例在全国率先建立了由海洋与渔业行政主管部门牵头的海岸带综合管理体制。明确规定由各级海洋与渔业行政主管部门负责牵头综合协调和解决本辖区海岸带保护与利用工作中的重大问题，发改、住建、国土、环保、林业等部门按照条例规定分别负责相应管理职责，财政、科技、交通运输、水利、旅游、海事、文物管理和其他有关部门各司其职、密切配合。
条例建立了由各级政府主导的海岸带监督管理执法联合联动机制。要求福建省和沿海各市、县、区政府要建立海岸带监督管理执法联合联动机制，组织有关部门制定本辖区海岸带监督管理年度计划，按照计划组织开展工作，组织有关部门加强海岸带巡查。条例要求沿海乡镇人民政府、街道办事处要加强海岸带基层管理队伍建设，做好海岸带保护与利用管理相关工作，并指导村（居）民委员会配合做好海岸带管理工作。各级海洋与渔业行政主管部门要会同国土、环保等部门加强对公共沙滩使用的监督管理。
此外，条例还对公共沙滩的保护和管理、强化对围海填海的管控、鼓励海岸带整治修复以及陆源污染物排海和渔业养殖管理等内容做了详细规定。
