相比北方，南方古运河的水质也有待进一步提高。记者在苏南某水上服务区看到，虽然大运河的水是流动的，但依然能够看到成片团的蓝藻和油污，漂浮在岸边。“苏州地处下游，由于上游来水等原因，水质不太稳定，有时常在IV-V类徘徊，特别是和浙江交界的王江泾断面，水质有时不达标，压力很大。”苏州一位水务干部称。
水质排放标准过低生态综合治理能力待加强
记者沿线调查发现，由于水量较少，考核标准较低及局地治理缺位，生态问题重重。
其一，河水水量偏少，水质排放标准依然过低。《报告》称，大运河天津段面临的最大挑战是河水水量偏少。“夏秋水涨苦潦，冬春水微苦涩”，丰水期容易决口，各水源河流上游流经山地，带来的泥沙较多，河流容易淤塞。如何保持运河水量，实现运河生态平衡，是天津大运河遗产保护面临的一个重大课题。
天津不少水务干部称，北运河水质劣V类，因上游来水不好。记者调查发现，从天津北运河的现状来看，即便上游处理污水，按照最高的一级A标准，依然是劣五类，比如化学需氧量，一级A是50毫克/升，而地表五类水是40毫克/升，前者总磷是0.5毫克/升，后者河流是0.4毫克/升，湖库是0.2毫克/升，不少污水处理厂根本难以达到一级A标准。
其二，跨域治污进入瓶颈期，考核标准相对较低。《报告》显示，部分江南运河河道污染严重。嘉兴市环境保护监测站综合业务室主任苏营营说，京杭大运河嘉兴段水质有时不达标，有上游和自身的污染。这两年，工业造成的水污染已有效控制，生活污水和农业污染更令人担忧，治污之路任重道远。
苏南一位基层干部称，长江和太湖贯穿全境，不能低于III类水标准。相比而言，大运河只要求景观四类水，成了周边城市和企业的排污通道，特别是部分流进大运河的支流，污染严重。
其三,局地治理缺位，垃圾设施供给及有效引导不足。在阳谷县张秋镇下闸村，村民们说，水污染的时候发黑发臭，环境很差，“看到污水的时候打电话给环保局举报都没有人管理”。
记者在上述遗址边的村庄看到，虽然该村有垃圾池，但离有些村民家太远，村民倒垃圾要走较长的一段路程。马姓村民说，不少中老年人还未养成保护环境的习惯。沿线不少村民反映，部分运河河道垃圾丛生，有的用来种庄稼，整体环境没有根本性改善，政府的有效引导不足，村民并未形成自觉。
