海闻解释这样做的原因时说，“短期内，我们要和本部差异化竞争，尽量扬长避短，集中力量，发展一些新领域。但从长远来看，分院和本部的相同专业可以并驾齐驱，例如，加州大学伯克利分校与洛杉矶分校都有经济系，都很牛，这没有什么不可能的。”
与此同时，本部原先在深圳的大部分院系也陆续撤回。到如今，北大深研院共拥有8个院系，全日制研究生规模达到3000人。
不过，学校的定位与机制没有明确，依然是制约北大深研院发展的根本因素。对于北大来说，深研院究竟算哪一级机构？一方面，深研院是独立法人，院长是北大副校长，因此它该是一个副校级的独立校区。但另一方面，深研院的学科发展、招生名额、学位审核等都要通过本部院系和各个部门，又像是一个二级院系。
海闻直言，由于存在着一定的(或潜在的)竞争关系，北大本部相关院系并非都全力支持深研院同类专业的发展。从某种意义上说，北京本部校区跟深研院分别是北大平级的两个校区，本部应该既是“兄长”又是“父亲”，但如果只有“兄长”的心态，当然就把深圳分部看成了竞争对手。
“当初北大派我来，明确希望我按加州大学的模式将深圳办成一个校区。而后领导有了不同想法，但对深研院面临的问题却没有明确的解决方案。”海闻说，在深研院刚起步的时候，由于太弱小，本需要北大的大力支持，但学校实际上没有认真投入。现在深圳校区做大、做强了，本部反倒开始关心起来，开始担心分校区办得不好有损学校声誉。“这就像是家长管孩子，小时候该管不管，长大了不该管了反而要管。”
多方人士表示，对于名校在深圳办分校的定位问题，学校与地方政府缺乏共识。校方的想法往往是，分校区不是我要办的，是深圳要办的，深圳对外来的学校不公平，没有给予公平待遇。深圳方面则认为，这是双方合作，我已经出了我该出的那部分钱了，剩下的部分该学校出了，学校没有承担起相应的责任。
马陆亭预言，深圳大学城模式的执行结果，极端的情况有两种：最好的情况是，充分调动市、校双方的积极性，在人力、物力上发挥各自优势，大学城的发展形成齐抓共管的大好局面；最坏的情况是，双方都没有积极性，大学城从“两不靠”最终发展成“两不管”。
