神木县红碱淖风景名胜区办公室主任说党亚波介绍，除补水不足外，煤矿开采也威胁着红碱淖和周边群众的生存。按照内蒙古鄂尔多斯新街矿区总体规划的实施，已建成的马泰壕煤矿距红碱淖核心保护区直线距离不足4公里。如果矿区一旦投产，开采可能破坏地下水隔层结构，使地下水的流向和流量发生改变，导致红碱淖水系悬空在马泰壕煤矿上部，引发地表径流断流和水系污染。一旦湖底渗透，红碱淖将在瞬间干涸。面对下游质疑，内蒙古鄂尔多斯市水利局副局长江源显得有些无奈，“就说旅游开发都是陕西在搞，而我们这边基本上没有什么任何活动，保持它的原貌，还得恢复植被，退耕还草、退耕还林，做了这样些工作，完了回头感觉像是内蒙古在破坏。”
记者了解到，为了彻底破解红碱淖的生态危机，2015年，陕西已向国家相关部门递交设立红碱淖为国家级湿地自然保护区的申请。党亚波介绍，递交申请后，有望提高红碱淖保护级别，通过国家层面协调两省区关系，通过相关法律法规加强湖区保护工作。目前，相关部门正在对申请进行评估。与此同时，内蒙古当前正在安排部署札萨克水库下游河道清障、计量设施安装等具体事宜，计划9月15日汛期过后按照商定从札萨克水库向红碱淖生态补水100至150万方。中国工程院院士、长安大学教授李佩成致力于研究干旱半干旱地区的水环境治理保护问题。他认为，保护红碱淖必须要有合作精神，有关的地方要联合起来，要合作，提供各自的水文资料进行精确计算，就算后就知道哪条河把多少水截了。正确的做法应该是团结治水、合作治水、科学治水，就是需要大家的合作精神。
从高空俯瞰，“神湖”红碱淖从曾经67平方公里的三角形消退成为如今32.8平方公里的不规则形状。从表面上看，缺失的仅仅是水资源，而背后体现的正是流域涉及地区的资源之争、利益之争。在湖区上下游局部利益的零和博弈下，红碱淖褪去“神湖”之名，甚至最终消亡，很可能就在不远的将来。而只有湖区上下游破除门户之见，对于红碱淖的生态保护统筹考虑、互相协作配合，现在就行动起来，或许红碱淖还有机会恢复到它往日的生机和活力。
