考虑到石经山开放后游客的不断踩踏有可能对千年古道产生影响，千年古道的整体保护与栈道铺设工程也纳入大遗址保护工程中。上寺和曝经台遗址保护展示与周边环境整治工程也同期进行。
房山石经与云居寺文化研究中心主任罗炤表示，目前当务之急是开展石经山洞内文物保护状况的调查，对藏经洞内部进行系统监测工作，着眼于保护和病害治理等。虽然藏经洞都是密封的，但目前雨水渗入洞穴，对石经产生巨大威胁。
“石头不怕干，也不怕泡在水里，就怕一干一湿。”罗炤透露，现在有一种保护思路是将石经转移到山下，建立石经博物馆。这样对保护石经有利，但藏经洞遗址肯定会被改变。而在原址保护，对石经的保存又是难题。究竟何去何从，还要经过专家集体论证，最终确定保护方案上报国家文物局。
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石经山与雷音洞
石经山海拔450米，有“小西天”之称，与云居寺共同构成了云居寺文化景观群。这里是房山石经刊刻起源之地，是佛祖舍利出土之处。而石经山的价值远不止石经，还有以雷音洞、金仙公主塔、隋唐的千年古道、古井等为代表的众多历史遗迹，具有极高的历史文化价值。
石经山山腰分两层，共有九个藏经洞，洞内存放自隋至明朝的刻经石板，其中雷音洞是目前唯一开放的藏经洞，洞内宽广如殿，四壁镶嵌经版都是静琬大师早期所刻。洞中有四根石柱，石柱上雕刻佛像1056尊，故称千佛柱。雷音洞也是我国最早的人工构筑石质佛殿。
