对NgAgo的质疑声自6月下旬开始就陆陆续续，韩春雨本人在百度贴吧上做出过一些回应。
6月28日，他在对网友的回复中表示，新系统刚出来都会“不好使”，他也认同目前NgAgo系统不够稳定，等2.0版本出来会找专门机构免费发放。
面对质疑，他说，“我敢把质粒提交到addgen上，在协和讲座发放质粒，对自己实验的重复性还是很有胆气的。”韩春雨所说的“addgen”其实是Addgene，一家全球科学家质粒共享的非盈利组织。澎湃新闻（www.thepaper.cn）在Addgene官网上的确看到了韩春雨上传的质粒信息。这些质粒可供全球科学家直接用于重复韩春雨的实验。
7月2日，在贴有方舟子质疑原文的帖子中，韩春雨进行了较为详细的回应，强调NgAgo系统对污染特别敏感，实验时不要有寄生菌和支原体的污染，并对实验环节做出技术性的建议。
但7月2日之后，韩春雨不再有新的回复。7月4日，澎湃新闻（www.thepaper.cn）联系上韩春雨，他以“学校告诉我不要做任何回应”回绝。
有基因学家对澎湃新闻（www.thepaper.cn）表示，如果最终《自然-生物技术》杂志在介入调查后也认为韩春雨的实验是无效的，那么他在5月2日发表的论文将会被《自然-生物技术》删除。
