2002年12月中旬，江西省委宣布任命，周文斌担任南昌大学党委副书记、校长。虽然是正厅级平调，但南昌大学与东华理工大学有着本质区别，它是江西省唯一一所211重点高校，是江西省内高校的“龙头老大”。
当时正值国内很多大学的大规模新校区建设时期，也包括了南昌大学。江西省政界知情人士透露，周文斌在东华理工大学期间摸索出的一套校园建设模式，是其被确立为南昌大学校长候选人之一的重要原因，“周文斌确实有两下子，面对南昌大学即将开始的新校区建设，省领导对他寄予了厚望”。
南昌大学新校区的位置选在南昌市红角洲的前湖附近，面积4500多亩，2003年正式展开建设。多名目前在京工作的南昌大学学生对京华时报记者表示，周文斌在学校各种会议上讲话时多次提出，要将校园建成全国一流水平，甚至要超过北大、清华。
周文斌运用东华理工模式说干就干。在南昌大学新校区建设中，南昌大学与香港多伦多集团签订协议，协议资金2.2亿元。由多伦多集团出资，负责建设学生公寓以及与之相配套的食堂商业街等项目。工程完成后，多伦多集团拥有南昌大学前湖新校区内步行街的15年经营权。经过3年左右的建设，到2006年7月，前湖新校区建设基本完毕。建成后的新校区内，人工湖、假山、广场齐备，加上全新的教学楼、宿舍楼，学生的就读环境优越。国内一些熟悉南昌大学新校区的教育界人士认为，南昌大学这座新校区仅就硬件条件来说，在国内大学中也属于一流。而江西省政界不少人士也认为，建成南昌大学新校区，周文斌功不可没。
独断
“最帅校长”画皮下的权力滥用
到南昌大学任职后，周文斌暴露出很多致命缺点。
南昌大学一些毕业生回忆，周文斌到任南昌大学校长后，喜欢和学生们互动，出众的外表让他在学生中很快有了亲和力，被称为“中国最帅校长”。但是，在教职工、校领导班子之间，周文斌却是另外一套做派。
京华时报记者在采访期间，一些学校中层干部、曾经在南昌大学任职的领导对周文斌做了一致的评价，“此人当校长时，工作作风霸道、独断专行，对别人的意见毫不理会”。南昌大学一些知情人士介绍，周文斌任职期间，在学校重大问题上，完全是自己说了算。一名熟悉南昌大学工作的老领导透露，周文斌在工作中几乎成了“一支笔”，1000万元的支出，不经集体讨论，完全由他个人拍板后签字确认。
上述人士的说法从周文斌的履历里就可见一斑。2002年12月，周文斌被任命为南昌大学党委副书记、校长。该校当时并没有党委书记。2005年4月，周文斌被任命为该校党委书记，成了党政一肩挑。直到2007年2月，江西省任命郑克强为南昌大学党委书记。而2010年4月，郑克强因年龄原因卸任南昌大学党委书记。一直到2011年11月，胡永新才被任命为南昌大学党委书记。一所211重点大学，长达近两年时间无党委书记，这显然是一个极为不正常的现象，背离了党委领导下的校长负责制。江西省政界知情人士介绍，在党委书记空缺的两年里，周文斌的校长权力行使，已经到了完全失控的程度，遇事抛开集体讨论，完全由他一个人决定。而检方指控的周文斌所涉嫌的受贿犯罪，全部发生在周文斌一人独掌权力期间，而不是党委书记、校长分设的几年中。
面子
耗资千万打造金龙雕塑充门面
霸道、独断专行的工作作风，权力不受制约，任性的使用，也使周文斌热衷于做表面文章，搞面子工程的缺点充分暴露。
