国民党“立委”吕玉玲称，确诊官兵12日就出现病征，“显见国防部通报不实甚至隐瞒”，不仅应该彻查还要严办。国民党主席江启臣表示，“国军染疫是国安问题”，如因管理缺失成为疫情破口，恐重伤“国军”形象。资深媒体人黄创夏19日则质疑称，舰队公海航行26天，远高于自主隔离的14天，却在4月6日及10日出现症状，“是任务不单纯还是有难言之隐？”不少网络则纷纷响应称，“是有不能说的任务或秘密军事交流？”在相关新闻下方评论中，大批岛内网民批评蔡英文身为“三军统帅”，却为了面子搞“物资外交”，不好好查证就派军舰出访“友邦”，“为了配合作秀跑到帕劳跳舞”。有网民评论称，关于海军是否在帕劳染疫的这场“公关”十分难做：若称在帕劳感染，“就会得罪友邦”；要是在岛内本土感染，那问题则更加严重。对于台“指挥中心”针对帕劳“零确诊”的质疑，有网民评论称，这是不是台军防疫不力，赶紧寻找“甩锅对象”。另一方面，也有评论担忧，如果帕劳真的是“零确诊”，“那就是台湾把病毒带过去了”。

联合新闻网19日提到“国军”零确诊破功，恐影响其目前唯一尚未取消的军事交流计划。“国军”的“可恃战力项目”将陆军7个打击旅与关渡指挥部编成“联合兵种营”，6月将进入湖口北测中心进行联兵营首度训测，预定实施“陆威项目”，邀请美军太平洋司令部派人抵台观摩，“但因台美两军疫情影响，全案恐面临停摆”。

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