由于吴芳铭是民进党党员，民进党发言人何孟桦表示，嘉义县已经过党内初选程序提名候选人，任何党员有违纪参选等行为，民进党中央会快速以党纪处分。有民进党内人士表示，就算吴芳铭退党后以无党籍参选，可能还是会被视为违纪，将被开除党籍。自行退党跟开除党籍的差别在于，退党随时可回党，被开除党籍须隔5年才能再入党。
民进党内人士指出，年初嘉义县长登记初选时，吴芳铭因未缴党费、不符初选的两年条款而无法参与，如今民进党党内提名人选已确定却宣布要参选，“有谁会跟他站在一起？”
据台湾《联合报》报道，吴芳铭退出民进党参选嘉义县长被外界解读是“花（嘉义县长张花冠）文（‘立委’陈明文）大战”延续，但他表示不认同这种说法，“我不是棋子，有自己的想法，将走自己的路”。
嘉义县长张花冠。（图片来源：台湾“东森新闻云”）
民进党县党部则毫不留情面，除说吴芳铭参选绝对不是“花文大战”的延续，而是少数人私心自用、破坏党内团结，指民进党部电话已被支持者打爆，要求将违纪参选的吴芳铭开除党籍，接下来党部将整理吴芳铭违纪参选相关数据，送执委会进行开除党籍事宜。
担任选对会召集人的陈明文在脸谱网（facebook）发文说，民进党经过全县民调初选产生候选人，如果有任何党员无论私心自用、或另有其图，意图跳过党内民主程序径行宣布参选，破坏党的团结，支持者是不会容忍与支持的。
吴芳铭在接受《Pop Radio》电台主持人黄光芹采访时被问到是否认为英系“立委”陈明文壮大，变成主流派？他强调，希望人民去决定事情是由下而上的过程，但现在很多东西变成形式由上而下刻意操作，“少数或是寡头垄断，这是一种霸权”。“说要派系终结现在却更强化了”，过去民进党说要改革，现在又反改革，成也派系、败也派系。
担任选对会召集人的“立委”陈明文。（图片来源：台湾《联合报》）
据《中国时报》报道，被县党部开呛，吴芳铭质问当民主沦为形式和走过场的程序，还有民主吗？通过钦定、指定，由上而下运作，再赋予程序和形式来合法化，“是哪门子的民主和公平正义？”这不是私心作祟、派系思维、霸权决定，不然是什么？
吴芳铭要县党部不要把人民都当成笨蛋，人民会思考和判断，人民心中自有天秤，强调他个人也接爆认识和不认识的关心和认同改变嘉义、翻转嘉义朋友的电话，相信这是希望的萌芽，大家一起努力。
吕秀莲（图片来源：台湾《联合报》）
