《指导意见》明确，对复杂敏感项目，区分不同情况，主要采取委托管理、资产置换、保障社会化等方式进行处理，国家和地方政府在政策上给予支持。对已融入驻地城市发展规划，直接影响社会经济发展和民生稳定，合同协议期限较长、承租户投资大，有潜在军事利用价值，确实难以关停收回的项目，可以实行委托管理。对独立坐落或者能够与在用营区相对分离，军事利用价值不高，已经形成事实转让的项目，由中央军委审批确定后，可以采取置换等方式处理。对部队营区内引进社会力量服务官兵工作、生活的房地产租赁项目，纳入保障社会化范围，规范准入条件、运行方式、优惠措施、经费管理等，更好地服务部队、惠及官兵。
《指导意见》明确，军队全面停止有偿服务后，将国家赋予任务、军队有能力完成的，军队特有或优势明显、国家建设确有需要的，以及军队引进社会力量服务官兵的项目，纳入军民融合发展体系。对需纳入军民融合发展体系的行业项目，由军地有关部门研究提出有关标准条件、准入程序、审批权限、运行管理等政策办法，实行规范管理，严格落实收支两条线政策规定。对军队全面停止有偿服务后空余房地产、农副业生产用地、大型招待接待资产，全部由中央军委集中管理、统筹调控。
《指导意见》强调，军队全面停止有偿服务是军队、中央和国家机关、地方党委和政府的共同责任。各有关方面要高度重视，牢固树立“四个意识”，加强组织领导和工作统筹，党委领导同志要敢于担当、勇于负责，对复杂敏感项目要亲自上手、一抓到底。要严肃工作纪律，适时开展专项巡视和审计，查处违纪违法问题。要以严实作风推动工作高标准落实，确保如期圆满完成军队全面停止有偿服务任务。
