生态环境保护在荆江航道整治工程中占有重要地位，“共抓大保护，不搞大开发”成为指导思想。荆江河段水生生物种类多样，鱼类资源丰富，有“四大家鱼”及其他鱼类的产卵场、索饵场或育幼场等，涉及湖北石首麋鹿国家级自然保护区、湖北长江天鹅洲白鳍豚国家级自然保护区、长江监利段“四大家鱼”国家级水产种质资源保护区等3处国家级保护区，另外还有七星台镇水厂、新厂水厂等7处生活饮用水源保护区以及5处漂流性卵产卵场。
长江航务管理局局长唐冠军向记者强调，“在荆江工程建设中，我们坚持生态优先、绿色发展的理念，进行了荆江工程生态环境保护顶层设计，开展了一系列生态保护的积极探索，实行生态工程建设与整治工程‘三同步’，同步设计、同步实施、同步验收。”
荆江航道整治在工程概算中，专门列出了2.68亿元的生态建设环境保护资金。在水、岸、滩等关键部位采取符合生态环保要求的成熟施工工艺与材料，营造有利于鱼类产卵和底栖生物繁衍生息的生态环境，会同各保护区、水产部门大力实施生态补偿、开展增殖放流等工作，同时采取了生态护坡、植入型生态固滩等生态航道建设新技术。
记者在腊林洲看到，护滩工程使用了鱼巢砖、透水框架，这种结构可以为水生生物和两栖动物提供安全的繁衍生息空间，在河岸上则使用了钢丝网格生态护坡，为植被的生长提供了基础。现在的腊林洲河岸一片翠绿，各种植被长势旺盛，与河岸守护着的大片麦田交相辉映。
据悉，荆江航道整治生态工程共修复陆生、水生生境218万平方米，实现了水岸滩生态恢复与重建。唐冠军肯定地说：“事实证明我们通过采取相关措施，长江经济带荆江河段航道整治工程对生态保护不仅没有构成破坏，而且还改善了生态环境。”
