3整合后将由谁来主管？管理方式各地因地制宜
孙洁预测，在主管单位问题上，最终很可能以地方拥有自主裁量权，自定城乡居民基本医疗保险主管部门的方式来解决。2013年国务院在公布机构改革和职能转变方案时，就曾提出“整合城镇居民基本医疗保险、新型农村合作医疗的职责”。然而在这次公布的意见中，仍没有就整合城乡居民医保后的主管单位给予明确规定。
同时，意见提出各省（区、市）要于2016年6月底前对整合作出规划，各统筹地区要于2016年12月底前出台具体实施方案的明确要求之余，孙洁认为，这释放出的信号就是中央已经就这一整合默许给予了地方自主裁量权，允许地方因地制宜选择最适合自己的管理方式。因为普遍来讲，由原卫生部门推出的新农合制度出台更早，而且管理也做得不错，但同时人社部门又是我国主要五大社会保险的主管部门。
就如同目前社保费有些地区是由人社部门负责征缴，也有些地区是由税务部门征缴一样，今后各地整合城乡居民医保后的主管单位，可能有些地方由卫计部门主管，有些地方由人社部门主管，甚至还可能有些地区继续由两部门共同管理。
孙洁分析，在这次的意见已经就整合后管理范围、体制机制乃至服务方式等多方面做出较为完善的顶层设计后，无论地方由哪个部门进行管理，预计都不会影响政策的落地实施。
