据《中国经济周刊》了解，李宁此次被逮捕主要是因为涉嫌将部分科研经费以“外包”的名义转移到了其名下的公司账户。而根据之前国内一些媒体的报道，“李老板”之名名副其实，其名下有多家生物技术公司，分别在北京和无锡等地。
据媒体报道，李宁在“商界”可谓身兼数职。如北京三元济普霖生物技术有限公司法定代表人与董事长；北京济普霖生物技术有限公司股东与副董事长；北京济福霖生物技术有限公司（下称“济福霖”）股东与经理；无锡科捷诺生物科技有限责任公司法定代表人。
其中，北京济普霖生物技术有限公司（下称“济普霖”）在李宁参与的众多科研项目中，一直扮演着合作公司的角色。
公开资料显示，从2006年到2011年，中国农大和济普霖合作的项目至少有21个，其中国家转基因生物新品种培育重大专项最多，有5项，这个由国务院在2008年7月的常务会议上审议通过的科研项目，总投入逾200亿，跨度12年。李宁是该重大专项的副总工程师。
据了解，一家公司以合作单位的身份参与国家科研项目，在业内一直是被允许的操作规则，而该类公司的选定缺乏相关的规范准则。根据调查得知，李宁或涉嫌将科研经费截留或转移到济普霖名下。而这种情况在业内并不罕见。一名大学教授告诉《中国经济周刊》，大家都会想方设法把批下来的科研经费“花光”，因为根据规定，剩余的经费都要交回，“谁也不想把到手的钱再退回去”。
而李宁旗下的另一家生物科技公司济福霖，则担任了研究成果转让的角色。
根据媒体报道，从2010年11月开始，在李宁以济普霖名义申请的12项专利中，至少5项转让到了济福霖名下，均跟李宁承接的国家课题相似，其中包括《一种动物体细胞克隆方法》、《一种从转基因牛乳中纯化重组人α-乳清白蛋白的方法》等。
这5项中又有3项转让给了其他公司。其中，《一种动物体细胞克隆办法》，转让给了位于河北涿州的保定温氏种猪育种股份有限公司。资料显示李宁任职该公司总经理。
上述从济普霖转到济福霖的专利中，另外有两个关于奶牛的专利，在2011年先后转给了一家公司，即“无锡科捷诺生物科技有限责任公司”。与上面几家公司一样，科捷诺一样有李宁的影子。公司资料显示李宁是法定代表人兼董事长。
科研项目＝自动提款机？
有媒体统计，在近年曝光的科研腐败案中，由高校科研经费管理使用混乱所致的腐败问题占比较大。中国科协一项调查显示：科研资金用于项目本身仅占约四成，这意味着大量科研经费流失在项目之外。
某高校管理者在接受《中国经济周刊》采访时表示，科研资金流失的原因主要有两个方面。首先，国家现阶段对科研项目人力成本的投入不到位。例如，根据《国家自然科学基金项目资助经费管理办法》，劳务费最高不能超过资助经费的15%，但是该费用只能用于临时聘用人员（如参与课题的博士生等）。该管理者认为，老师们作为课题的主要负责人，收入与付出不成正比，难免心理不平衡。
其次，根据《关于国家科研计划实施课题制管理的规定》，已完成验收课题的结余经费，经归口部门批准后，可留给依托单位用于补助科研发展支出。换言之，该课题的负责人仍需要将结余费用上交。目前业内的普遍做法是留给课题负责人支配，作为补助支出。但是由于该经费已不再属于在研项目经费，管理相对宽松，最后常常不知去向。
《中国经济周刊》调查得知，贪腐科研项目方法可谓“花样百出”。最常见的方式就是编制虚假预算，通过联合关联公司开具虚假发票、编造虚假合同、编制虚假账目等手段套取专项科研经费。在此次曝光的7名教授经费套现的事件中，已被判刑的陈英旭即利用该手段将近千万元专项科研经费冲账套现。
此外，部分科研人员钻经费管理的空子，进行横向经费(课题组承接来自企业、学校等平行单位的科研项目)和纵向经费(课题组申请的国家级、部委级的科研项目)的“互换”。部分科研人员将能够正经花的钱都凑到纵向的账目上，纵向经费中一些实在走不了的账，则依赖横向经费抵销，用不完就塞进自己的腰包。
劳务费也是科研经费流失的一个渠道，有科研人员编造劳务名单冒领“劳务费”，更有人按照可报销的项目去做账，将“吃喝玩乐”的费用记在科研项目上。
科研管理体制：为何政府与市场双失灵
