对线索处置，中央纪委研究制定了拟立案、初核、暂存、留存和了结五类处置方式和标准，完善和细化侧面了解、初核、立案、采取党内审查措施、涉案款物管理等各项制度。
与此同时，中央纪委监察部对1978年至2012年6月由中央纪委制定或者牵头制定的包括办案工作在内的党内法规和规范性文件进行了清理，决定废止37个文件、失效28个文件，制定出台《关于党的机关、人大机关、政协机关、各民主党派和工商联机关公务员参照执行〈行政机关公务员处分条例〉的通知》等法规和规范性文件。
强化过程监督，突出重点环节监督
-制度在完善，体制在创新
“2013年全县纪检监察机关办案135件，没有出现一起投诉，这主要是我们实行的"一案三卡"制度在发挥作用”。广东省惠东县委常委、县纪委书记潘智告诉记者。
潘智所说的“一案三卡”，是广东省纪检监察机关针对案件监督管理方式的一种创新。具体来说，就是纪检监察机关在办案过程中，由案件监督管理部门发出《联络沟通卡》、《文明办案卡》和《廉洁监督卡》，搭建案管部门与被调查人及其家属、发案单位的沟通联系渠道，由此强化对办案工作及办案人员的监督。
严格依纪依法办案是贯彻落实依法治国基本方略、提高依法执政、依法行政水平的必然要求。
中央纪委对反映中管干部问题线索进行了全面清理，初步建立了规范管理的工作制度；组织开展对部分省区市办案安全工作专项检查，严肃追究并通报发生办案安全事故相关人员的责任特别是领导责任，促进各级纪检监察机关和广大纪检监察干部自觉坚持依纪依法安全文明办案，严格执行和落实各项办案安全制度和规定。
与此同时，各级纪检监察机关按照中央纪委相关要求，不断加大对办案工作的监管力度。
黑龙江省哈尔滨市制定了《全市纪检监察机关重大案件线索报告制度》和《交叉办案暂行办法（试行）》，对基层部门上报的重大案件线索，由市纪委案件监督管理室负责接收并统一管理，每周组织一次集体排查，排查结果按领导批示由案件检查室进行指导、督办、提级办案或异地交叉办案，有效提高了案件线索利用率，防止了基层案件线索流失、瞒案不报和有案不查问题的发生。
为严把制度程序关，江苏省纪委监察厅制定《重要案件线索管理暂行办法》《关于对反映党员干部违纪问题督办核查的暂行办法》等制度；研究制定《江苏省纪委监察厅自办案件基本流程（试行）》，编制《案件检查文书格式》，使查办案件工作切实做到有法可依、有章可循。
科技手段的应用，让案件管理工作插上了翅膀。
“案件线索有多少条，是否及时转办？案件查办处于哪个阶段，是否超期……”吉林省磐石市委常委、市纪委书记刘革锋坐在案件管理专用电脑前轻点几下鼠标，2013年以来该市纪检监察机关查办案件工作的“家底”就在电脑屏幕上显示出来。
据介绍，案件信息化管理系统的开通，使该市纪检监察机关实现了对办案工作的全程实时监控。从案件线索录入开始，该系统对每一条案件线索的来源、流转路径、当前办理状态、最后办理结果自动记录并跟踪监控，全部案件线索网上审批、网上流转，且信息一经录入，不能随意更改。对临近办结期限的案件，系统自动启动倒计时提醒功能，对超期未办结的案件，系统自动巡检、自动报警。案管部门能够实时查看案件办理进程、当前报警情况以及过去报警记录。对没有按期办结、及时审批审核的案件，案管部门可以通过系统特有的督办功能及时在线督办。
