由于连续受旱、反复受灾，一系列叠加负面效应开始在云南显现。
“连续抗旱大量消耗水源，抗旱水源不能及时补充，昆明、曲靖、楚雄、玉溪等城市及安宁、砚山、双柏等城镇供用水矛盾突出。山区、半山区群众主要依靠水窖保供水，供水水源分散、保障程度不高，因旱造成人畜饮水困难尤为突出。”云南省水利厅的一位负责人说，由于优先保障城乡饮水安全，减少生产用水，造成部分工矿企业停产、半停产，水电站停发、限发。滇中重点经济区因旱损失尤为严重，昆明、曲靖、玉溪、楚雄4个州市旱灾直接经济损失接近全省的一半。
“严重干旱在云南很可能常态化，旱灾已成为云南自然灾害之首。”云南省委书记秦光荣非常担忧地指出：“旱灾对水生态环境造成的损害涉及面广、影响深远，有的影响甚至具有不可逆性。”
西双版纳热带雨林数量锐减
在昆明市东川区的拖布卡镇大树脚小学，供水困难已经延续3个月了。学校背后1公里外山坡上有个水窖，里面的水只剩1/3了，这些水是学校每年出600元请村民倒进去的，供师生们饮用。学校一直期待能有一根水管将水直接引进水窖，减少污染，保证水质和师生饮水安全，但这样一个小小的愿望却一直没能实现。
大树脚小学出现供水困难，学生们每天都要背着两个矿泉水瓶步行一两个小时来上学。矿泉水瓶不能装热水，即使天冷，孩子们也只能喝冷水。4月19日，昆明东川区委宣传部用企业捐赠的善款购买了240余个保温水杯，送到拖布卡镇大树脚小学，孩子们第一次能喝上热水。
东川区地处长江上游，生态极其脆弱，在4年大旱中受灾严重。开车从东川城区向乌龙镇的方向行驶，满目枯黄。受干旱侵袭，很多农民并未按时下地耕种，大部分的土地都缺乏生命的色彩，两岸的山峰裸露着岩石。
半山腰水井村村民吴兴能家的爱心水窖里，水已经所剩无几。每天，吴兴能都要去砍掉那些干死的小麦，拿回家喂羊。
乌龙镇的一名工作人员说，该镇小麦三年绝收。“去年一共10500亩小麦都绝收。”虽然镇政府采取了多种方式抗旱，并鼓励和引导村民改种核桃、樱桃、杨梅等经济作物，但干旱使这些经济作物一直减产。
拖布卡镇的水源也面临着危机。近年来，该镇修建了12000个小水窖，实现了自来水管网入户，可水管有了，却没有水。
当地村民说，2010年以来，随着水源保护区周边矿山生产规模的不断扩大，特别是矿山深部开采活动加剧，地区储水结构发生了变化，地下水位大幅度下降，浅层地下水枯竭。现在水井山引水工程取水流量不足0.015立方米/秒，供水能力不足1500立方米/日，全镇范围内均存在不同程度的饮水困难。大部分小水源点、小水塘均已干枯，农业生产基本无水可用。
东川区的困境是云南滇东北地区旱灾的缩影。
滇东北地区矿产、水能、生物等资源丰富，是国家重要的能源基地、重化工基地、有色金属及新材料基地，同时因地处长江上游，生态环境保护治理任务艰巨。但几十年来过渡开垦、不合理的矿产资源开发、乱砍滥伐等，导致水土流失加剧、土壤肥力下降、耕作层被破坏、森林植被功能退化、石漠化扩大，干旱、洪涝、滑坡、塌陷、泥石流等各种灾害频繁发生，滇东北地区成为云南省贫困面最广、贫困程度最深、生态环境恶化最严重的地区。
但是，中国青年报记者在采访中了解到，近年来，对滇东北生态环境的保护治理和生态多样性的保护重视却远远不如滇西北地区，投入不够，缺乏行之有效的政策措施。
“目前，对滇东北地区的生态特征，即森林、江湖、湿地、草原、地质、荒漠以及陆生、水生、人文等生态系统所具备的地区代表性、独特性、不可替代性及濒危程度、受威胁因素等，底数不清。”云南省政协人口资源环境委员会的一位专家说：“尤其是忽视了人为活动造成的特有珍稀野生动植物数量质量下降、遗传资源消失和流失。比如，昭通市巧家县的五针白皮松，目前全球野生植株就只剩34株了。”
令人担忧的是，在优先重点保护的滇西北，增加的森林面积，主要种的是人工林、中幼林和经济林，而保护生态最重要的天然林和生态效益明显的混交林的数量，却呈下降趋势。
在云南省级各民主党派和工商联联合提交给云南省政府的一份材料上，专家们指出：“近年造林多从经济效益考虑，林种单一，有的地方甚至蚕食原始森林，种植橡胶、桉树等经济树种。截至2009年末，西双版纳橡胶种植面积已达368万亩。西双版纳原始热带雨林面积从上世纪80年代初的5510万亩，减少到目前的2854万亩，下降48.2%。热带雨林赖以生存的浓雾天数明显下降，每十年锐减10到27天；景洪地区20世纪50年代平均雾日数为166天，2000年至2008年平均仅为28天，2009年仅3天，为历史最少值。”
