5月6日，台北，“外交部长”黄志芳召开记者会，宣布辞职。 
“行政院副院长”邱义仁也在同一天宣布辞职 扁向全民道歉 检方将传讯阿扁
检察官大搜“国防部”“外交部” “外长”等3高官闪电辞职 剑啸
台湾与巴布亚新几内亚“谈建交”过程中遭“外交掮客”侵吞机密金援10亿元新台币，检方近期将以证人身份传唤陈水扁说明案情。陈水扁6日下午终于打破沉默，以书面声明澄清自己与10亿元“外交”丑闻无关，并为此事向全民道歉。扁的行动却无法获得“立委”的认同，国民党“立委”洪秀柱认为，扁的道歉完全没有意义，更有脱罪嫌疑。
质疑 “外长”40分毁证据 巴布亚新几内亚金援丑闻案越滚越大，台北地检署检察官清晨兵分多路，针对“受贿名单”中的官员住处与办公室地点展开大搜索，搜索地点包括“行政院副院长”邱义仁、“国防部副部长”柯承亨与“外交部长”黄志芳住处、官邸与办公室。
检察官6日一早到“外交部长”官邸门口按铃，但明明黄志芳一家人都在，几次按门铃都被拒于门外，40分钟后，黄志芳官邸才打开大门，让检方到屋内搜索。
台北地检署检察官丘舜韶表示：“我们按门铃，有人直接把它切掉，不跟我们对话。”检察官一脸无奈，不停打手机求援，手上握的搜索票形同废纸。依法来说，检察官手上握有搜索票，可以破门而入，不用费这么大工夫，这不禁令人质疑，黄志芳是不是利用这40分钟湮灭证据？
国民党“立委”邱毅质疑：“如果是搜索老百姓，按了门铃不开，检调早就破门而入了。”邱毅指出：“我觉得相关证据可能早已被湮灭殆尽。”
据现场官员表示，检调并未带回相关文件。
请辞 3高官昨闪电辞职 6日下午，“行政院”传出最新消息，邱义仁与黄志芳已经双双辞职并获准。国民党“立委”林郁方爆料是“行政院长”张俊雄出的手。林郁方表示，“张俊雄跟他们讲，你们两个今天要离开，有辞呈的我就批辞呈，没有辞呈，赶快把辞呈送上来。”
林郁方说，“他们两个是弃车保帅啦！”
紧接着，“国防部副部长”柯承亨在下午3点30分提出书面辞呈，“部长”蔡明宪“勉予同意” 。
“行政院副院长”邱义仁下午召开记者会，表示，请辞主要有两个原因，首先，由于巴“建交”案造成社会重大损失与纷扰，自己深感自责，并且道歉。第二，由于现在全案已经进入司法程序进行调查，自己成为被告，因此不再适合担任“行政院副院长”职务，因此请辞。
黄志芳也于6日下午在“外交部”召开记者会，对这件事情对台湾造成的伤害，也再度向民众致歉。有媒体观察，他在记者会上，一度眼眶泛红。
追查 检方将传唤陈水扁 由于邱义仁表示，他曾向陈水扁报告“建交”事情经过，加上金援10亿元是个大数字，邱义仁一定会上报，陈水扁多少一定知道部分过程，因此检方将以证人身份传唤陈水扁厘清案情，至于是在“5·20”卸任前或卸任后传讯，检方不愿透露。
此外，“外交部”亚太司长李传通也被传在7人收贿名单之内，他透露，黄志芳日前说派人陪同“外交掮客”金纪玖赴新加坡取款，但就他了解，根本“没有外交部任何官员陪同”，供词与黄志芳的说法明显矛盾。
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