乐善堂将外员们分立为不同的“支部”，先后建立了湖南、四川、北京、天津和上海支部。除上海外，各地支部大体上是一个杂货铺子，为谍报工作做掩护，间谍们就以送货为名，可以堂而皇之地行走各地。

    北京支部被荒尾精称为“我党演戏之首要地方”，派了最能干的宗方小太郎坐镇，重点是清廷的政治动向，同时负责天津支部，开展针对李鸿章的谍报工作。京、津两支部还负责山东、山西、东北各省及蒙古的情报收集。

    湖南支部的设立，本是考虑到湘军集团在“同治中兴”中的巨大作用。日本人一直对湖南怀有浓厚的兴趣，宗方小太郎在1895年曾写了一篇《经略长江水域要旨》，认为:“中国十八行省中，富于战斗力、挈实勇敢，真可用者，以湖南为第一”。他提醒日本当局，要“及时经营湖南，收揽其豪杰，怀柔其民心，” 他认为今后主宰满清的命运的，必为湖南人。但因湖南排外势力强大，乐善堂后来不得不把重庆作为西南谍报的中心。

    四川支部是由湖南支部的原负责人前往重庆设立的。之所以选中重庆，完全在于其在长江流域的重要枢纽地位，以及彪悍的民风。

    乐善堂对支部工作给予了高度的重视。荒尾精为此提出了很多细节要求，随后各支部进行了名为“四百余州探险”的广泛的调查研究，其谍报人员由此成为深知中国国情的专家，并在险象环生的调查过程中经历了“实兵演练”。

    以商养谍的思路，后来进一步发扬光大，乐善堂在甲午战争前干脆在上海成立了间谍学校，命名为日清贸易研究所，全力培养“商战”和“兵战”的两栖谍报人员，为日本赢得甲午战争立下了巨大功勋。

    甲午战争前夕，日清贸易研究所因经费问题，曾闹了场学潮，荒尾精为此专门给学员们写了封信，我们也可以将此当作他和岸田吟香的自我总结:“呜呼！燕雀安知鸿鹄之志哉？诸君今日为实业家之模范，为扫除积弊之创业家，为兴复亚洲之志士，为开创日本富强之俊杰，岂肯与区区燕雀为伍乎？”