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但随着这项业务的开通，手续费的问题也成为人们关注的焦点。在网易的调查里，截至19日中午，愿意使用这项业务的网民占70%，而认为收费太高的占85.0%。这说明，人们对央行开通跨行通存通兑业务总体上持欢迎态度，但是，人们对每笔最高200元的手续费颇多不满。
银行该不该收取高额手续费？在笔者看来，跨行通存通兑应该收取手续费，这一点毋庸置疑，但每笔最高200元的手续费实在是太高了。从银行成本角度而言，通存通兑给银行带来的成本增加幅度很小，主要增加的就是支持跨行通存通兑的技术成本。而在跨行通存通兑业务中，每笔100元和每笔10000元的业务，除了数额不同，在技术成本上应该是相同的。既然每笔可以收1元（中行最低1元）甚至更低（兴业银行不设最低限制），那么，最高每笔200元的手续费显然是太高了。
高昂的手续费将减弱跨行通存通兑这项改革的意义。因为，到银行排队办业务的人，许多都是普通储户，收入不高，他们对每笔存取款的手续费是非常看重的。在一年期存款利率仅为3.87%的情况下，银行手续费一下子就抽走1%，这样的比例实在是太高了。
对银行来说，客户在银行办理业务，银行理应及时、方便地为客户提供服务。但长久以来，银行排队难现象一直为人所诟病。开通跨行通存通兑是为了缓解银行排队时间长这一问题，它不仅方便客户，也方便银行，但这一成本不能只让客户通过手续费承担，银行更不能把手续费当成暴利来源。在笔者看来，跨行通存通兑手续费应该收，但最高限额应大幅降低。
