此外，管还遭“绿委”爆料论文抄袭。据台湾《旺报》报道，民进党“立委”张廖万坚1月26日乌龙爆料，指管与台湾暨南大学管理学院院长陈建良抄袭EMBA学生硕士论文。
台大研究诚信办公室26日晚召开会议，台大研发长李芳仁表示，台大广搜资料并进行调查，认为此案未涉及抄袭，因此不成立，会尽速将结果送呈“教育部”。
据《中国时报》报道，管被选为校长后，民进党及“时代力量”党团在总预算协商时提出主决议“台大校长遴选委员会必须厘清疑义，否则‘教育部’不得进行后续聘任作业”，加上“绿委”指控他论文涉嫌抄袭，被认为是政治力不当介入台大校长遴选。
在外界压力下，台当局“教育部”一直不核定管中闵的人事案，并要求台大遴选委员会开会确认管的资格没问题。
1月31日，遴选委员会开了长达6个多小时的会议，确认管担任校长的资格“毫无疑义”。
抗议现场。（图片来源：台湾《联合报》）
不过“教育部”却迟不核定管人事案。新校长无法上任，台大师生昨到“教育部”前抗议。
“台湾大学自主行动联盟筹备会”早上9点半先到蔡办前举牌“政治黑手退出校园”，10点交陈情书、高喊“潘文忠出来”“还我校长！”“小英学姐，我们要校长”等口号；11点到“教育部”抗议。
据报道，到场的约有200人左右，不算太多，警方却派出150人维安，“教育部”只派专员出面，让场面一度火爆，后来“主任秘书”朱楠贤出来才平息。
抗议现场警力重重。（图片取自台媒）
据《中国时报》报道，多名曾任政务官的学者也到场声援，包括前“法务部长”罗莹雪、前“农委会主委”陈保基等人。
罗莹雪为台大法律系校友，她表示，台大遴选校长程序完全合法，“教育部”迟迟不核定，目的是在刁难，管唯一的问题就是颜色不对，过去一再呼吁政治黑手退出校园的政党，执政之后干扰校园到如此程度，可谓民主法治一大溃败。
陈保基说，“教育部”对台大强力施压的状况，“怎么看都是要把台大搞坏掉，很多老师与校友都看不下去，才会走上街头。”
台大政治系教授苏宏达表示，民进党上任后，不断分裂人民，不只发动台湾人斗台湾人，私部门也在斗公部门，这个当局是不是头壳坏掉了。
台大社工系教授冯燕表示，农历年后第一个开工日老师们本应回到工作岗位，但台大却没有校长、群龙无首，老师们因此走上街头。
身为社工学者，过去上街陈抗大多是为声援弱势团体，但现在只是要向蔡办为校长要一张工作证，荒谬不荒谬！
抗议现场。（图片来源：台湾《联合报》）
