但是，有人担忧高校建智库会“过热”。有评论认为，“智库热”是大学重心的错位，“例如，有的顶级高校公开强调，要举全校之力建好某某智库。要知道，大学的首要任务乃是教书育人，其次才是基础研究，最后方为政策研究。举全校之力发展以政策研究为主要任务的智库，属于典型的本末倒置。”
对此，杨宏山表示，智库与高校的定位并无根本矛盾，高校的定位很明确：本位是教育和学术研究，同时也有社会服务的功能。“高校提供社会服务很重要的功能就是科研影响决策、引领社会。毫无疑问，高校建设这种有思想、有影响的智库，具有自身的优势。目前来看，对于大学而言，智库成果很多是一线科研产生的连带产品，本身就是科研的一部分。”
一位不愿具名的专家对此表示：“教学对高校老师而言，是刚性的，是不会打折扣的，该上的课老师不会不上而去做研究。实际上，高校智库的一些研究如果做得不错，反而对教学有好处，可能让他的教学更贴近现实、更生动。”
与国家需求和实际问题相脱节？
为政府决策建言是高校智库的重要价值之一，如何充分发挥价值作用，是高校智库建设需要思考的问题。
河海大学讲师朱宏亮甚至提出，绝大部分高校智库与国家需求和问题相脱节，在智库定位上不匹配。朱宏亮在文章中列举的数据显示：近5年来，我国高校人文社科领域共出版著作约15万部，发表论文约158万篇，其中在国际刊物发表约2万篇。“但这些研究成果转化为公共政策建议的仅有6万余份，得到中央领导批示或者被省部级以上部门采纳的更少。”
但第二届中国大学智库论坛年会的数据显示，“十二五”期间，中国高校累计提供咨询报告和政策建议4.3万余份，有2.2万余份被采纳。据此计算，采纳率高达51%。
从数据上看，不同的维度和计算方法得出的结果差距甚大，无法得出相对客观的结论。
杨宏山表示，国家治理需要多样化的智库，有侧重对策层面的研究，有侧重战略层面的研究。“高校智库因为跟政府的距离稍微远一点，要跟政府智库在功能上有所区别，高校智库在战略性、思路性、方向性、前瞻性方面有它的特殊优势，因此，高校智库发挥战略思维方面的优势，这样也更能发挥大学的优势。”杨宏山告诉《中国经济周刊》记者。
但高校智库与国家需求相比，的确还存在许多不足。北京师范大学校长董奇曾指出，目前高校智库“命题作文”较多，成果多是修补式、解释式的，研究还是偏学理性，而且以个体式研究为主，缺乏协同攻关。实际上，智库研究的问题多是综合性的，需多学科、多单位联合才能高质量完成。
杨宏山强调，高校智库不是用来装饰门面的，高校智库既要“顶天”又要能够“立地”，“顶天就是战略思维，包括国家发展或者地方发展的战略思路；立地就是要接地气，要有可行性，要在现实中可以实施，而不能空中楼阁没有根基。”
我国知名高校智库发展历程
1986年
清华大学创立了中国科学院国情分析研究小组，2000年又发展成立中国科学院—清华大学国情研究中心，胡鞍钢担任首任主任。该中心着眼于中国改革与发展中的重大战略问题研究，为中央和地方政府提供全面、及时和高质量的科学决策参考。
1994年8月
北京大学成立北京大学中国经济研究中心，林毅夫为中心主任。在此基础上，学校又于2008年10月成立了北京大学国家发展研究院，研究重点是综合性社会科学。1999年3月，北京大学首都发展研究院成立，是北京市委、市政府与北京大学共建的服务于首都发展的研究、开发机构，是北京市与北京大学全方位合作的重要平台。
1984年
复旦大学成立中国经济研究中心。该中心曾停止运行一段时间，2000年2月，复旦大学重建中国经济研究中心，后改名中国社会主义市场经济研究中心，主要致力于经济学领域的理论和实证研究。
2001年2月
南京大学经教育部批准成立长江三角洲经济社会发展研究中心，这个国家级人文社会科学重点研究基地以研究我国（重点是长江三角洲地区）经济运行、经济发展和有关的社会问题为重点。
2007年5月
北京大学成立国际战略研究中心，之后在2013年10月改名为北京大学国际战略研究院，著名国际政治学家王缉思担任院长。其研究重点是对当今中国所处的国际环境以及相关各国的国际战略进行分析。
2013年1月
中国人民大学与上海重阳投资管理有限公司联合创办重阳金融研究院，致力于对经济社会热点进行深度剖析。2013年6月29日，作为首批25家国家高端智库建设试点单位，中国人民大学主办的国家发展与战略研究院当天在京成立。人大国发院致力于发展成为具有国际影响力的中国特色新型智库，服务于国家发展战略与社会进步。
