近年围绕专项招生计划产生了一些争议。2014年，有媒体报道农村学生专项招生中有些人“钻空子”，把孩子户籍从城市迁到农村，采取“学籍空挂”（学籍挂在农村，在城市求学）的方式挤占属于农村学生的机会。对这种现象，应该通过多种方式重塑专项招生的公信力，教育部门要负起管控责任，建立教育、公安等多部门多级联合资格审核机制，认真开展考生资格复查，坚决取消不符合实施区域、学籍、户籍等要求的考生资格；其次，高校应该负起主体责任，各校专项招生计划，无论是清华大学的“自强计划”，还是北京大学的“筑梦计划”等，虽然都规定“本人具有户籍所在县高中连续3年学籍并实际就读”，但仍然不同程度存在把关不严的现象。对此，可以考虑专项招生的特殊性，对每个农村学生出具独立录取报告，工作量不大，还能最大程度彰显政策公平。
前述《意见》提出，到2017年，要实现贫困地区农村学生进入重点高校人数明显增加。从“增长9.3%”的结论来看，已经初步实现了预期目标。为保障农村学生上重点高校形成长效机制，在未来相当长的一段时间内，一方面要抓紧教育资源分配优化，另一方面要正视教育短板，加强扶持力度。
