宁夏卫计委认定，宁夏医科大学总医院是慈济医院的实际管理方，利用公立医疗资源为职工谋福利。慈济医院给总医院相关负责人发放劳务津贴、支付科室提成等，违反了医疗卫生行风建设的相关规定。责成总医院立即终止和民营医疗机构的类似管理关系。
中国之声持续关注此事后的7月19日，宁夏卫计委官方发布消息，要求宁夏慈济医院整改停业三个月。期间不得开展门诊业务，收治新病人。宁夏卫计委参与调查的相关负责人表示：“调查中发现的问题，我们立刻对它进行校验，三个月的整改期，如果慈济医院人员资质等还不够，就把慈济医院的卫生执业许可吊销了。”
宁医大总院上千名公职人员持有民营医院80%股份
记者近日来到慈济医院，虽然大门照常开着，但慈济医院的门卫告诉记者，医院最近不接诊，让过段时间再来。
目前，宁夏医科大学总医院正在整改过程中，违规集资入股民营企业的员工，已经全部完成了清退，代持股人拥有的80%股份，已转手给宁夏朔方控股股份有限公司。根据工商登记显示，8月8日，双方完成了工商登记变更。
根据宁夏卫计委的要求，总医院在慈济医院多点执业的持股医师，已经注销了在慈济医院的执业地点。而对于各方质疑，宁夏医科大学总医院院长杨银学在接受记者采访时称，整个事件中，病人的利益没有损害，很多病人都是因为这样一个小型医院，跑了几百公里来总医院看病，就及时看到专家门诊了。
总医院方面向记者提供了5份院长办公会议纪要，时间跨度为2012年-2016年。这些文件中记载，慈济医院从设立到人事任命，都经过总医院班子的集体研究决定。其中一份2014年2月的一次会议记录，同意在编在岗职工以委托投资的形式，参与宁夏慈济医院的股金筹集活动。院长杨银学称：“有问题就是职工的股权在报道之前还没有来及转出去，因为2013年政策允许（职工集资入股民营医院），2015年政策不允许了，2016年开始转，现在是2017年，八千万的股权哪那么容易就转了呢？”
杨银学称，起初总医院参与设立慈济医院，是为了解决外地患者到总医院来，等待几天都挂不上专家号，恰逢当时的相关政策允许医疗机构间的合作和帮扶，才有了员工集资入股民营医院。而2015年，宁夏回族自治区纪委出台相关文件，不允许公职人员投资办企业。杨银学表示，纪委的文件印发后，他们没有收到，他们的大夫属不属于公职人员，也没有理解透彻。
